在总局治疗后的奈叶和菲特与时空管理局高官吉尔·格雷姆提督见面。随后，琳蒂提督将以奈叶为中心的“暗之书”进行调查，由于舰船阿斯拉不能使用，琳蒂提督就把司令部设在奈叶家附近，并将菲特安排在圣样私立小学与奈叶同班，菲特还与爱丽莎、铃鹿两人见面。而暗之书守护骑士因上次战斗被引起注意的原因，她们将前往远一点的世界收集魔力。