晓好不容易终于打倒Beta生还归队，却发现东京竟然碰到大规模的骇客入侵逐渐失控，于是和尤古的分身们一起潜入网络世界中寻找原因。然而他们在网络世界与敌人奋战之际，黑客依然逐步侵蚀着全世界，最后连洲际弹道导弹都被强制发射，地球陷入了灭亡的危机。眼见危机的到来，晓为了拯救他所重视的人类，下定了一个决心。