造成一切争端的根源是自己持有的蓝宝石Blue Water，娜蒂娅为自己的命运感到烦恼。另一方面，为了把在船体修理过程中机关部因有毒气体泄露而牺牲的菲伊特等人埋葬，鹦鹉螺号前往位于马达加尔海沟，一个被称为“沉没的寺院（沈める寺院）”的海底遗迹。来到到遗迹的让等人发现这里竟然是1万2千年前消失的大陆——亚特兰蒂斯，并且让得知的自己的父亲已经死于Garfish的袭击的事实。