鹦鹉螺号终于沉入海底，尼莫船长把船员们集中在主操纵区（メインブロック），然后跟战斗区（戦闘ブロック）分离。战斗区通过自爆把Garfish舰队全灭，只剩下主操纵区的鹦鹉螺号从卡格依的围攻中逃脱。尼莫船长把娜蒂娅等人叫到船长室，船长室将从主操纵区分离出去。然后，回到机关室的尼莫，在那里等待他的是……