曾经历过圣石之种事件半年后的高町奈叶与菲特·泰斯特罗莎两人则以朋友方式重逢，但随后卷入了一场袭击奈叶的大战。敌人目的正是以非法手段夺取魔导师的魔力资质，从而引发了时空管理局的重视和调查。