小智和皮卡丘跟大木博士一起了去在关都地区的枯叶市新设立的樱木研究所。在研究所，他们听说了传说的宝可梦出现在枯叶港的情报。小智他们为了跟它对战而前往港口，与此同时，一个来自枯叶市的叫做小豪的少年也确定了传说的宝可梦的身份，于是他也前往了港口……