蓝天白云的好天气。突然有一朵巨大的雷云正迫近在樱木研究所开心地享用刨冰的小智等人。他们侦测到强大的生物能量，竟得知传说的宝可梦・闪电鸟可能就在附近。在樱木研究所周边不断停电的情况下，小智与小豪因为小豪的“灵光一闪”而来到某个地方，成功遇到闪电鸟。立刻挑起对战但敌不过对手的两人决定跟在场的令人意想不到的“帮手”合作进行一场团体战!!