一天夜里，小智看到他从伽勒尔地区最强的训练家丹帝那里得到的极巨腕带自然地发出了光芒。另一方面，在伽勒尔地区，本来不可能的地方发生了宝可梦极巨化的现象。为了解开极巨腕带的谜团，小智与小豪前往伽勒尔地区打算拜访研究极巨化的第一人木兰博士。但途中两人在被浓雾笼罩的森林里走散，遇到了不可思议的宝可梦们。