传说的宝可梦水君周游世界，净化污水。小智等人得知那个水君停留在了某个湖上的情报。面对收服传说的宝可梦的机会，小豪突然卯足干劲。立刻赶往湖边的小智和小豪看到的是邪恶的宝可梦猎人集团以及即便受伤也在守护湖的野生宝可梦和水君。