少年侦探队为准备儿童大会要表演的布偶戏，随一个叫海部大学生去雾之丘高原进行特训，可是当晚柯南发现同他们一起来的小朋友和相应的布偶都不见了，就在柯南和光彦去二楼进行调查的时候，元太和步美也突然失去了踪影，因为电话线被不明人士割断，两人跑到离这里最近的另一家民宿，却看到……