小五郎受委托调查游戏软件工程师板仓死亡。目暮警官断定是心脏病发作的杀人事件。小五郎怀疑三名委托人是嫌疑犯，但没有证据。柯南为了得到记录着黑色组织线索的被害者日记磁片，急于解决事件。但一直没有机会。而在案件调查方面最终在看到不自然的围棋盘之后柯南得知死者留下的死前讯息并指出了凶手的所在。