少年侦探队按照暗号分别找到了剩下的两个时光保存罐，却发现在此之前有人曾将它们挖出来过而且最后一个发现的时光保存罐里面竟然有一封信，将所有的字条摆在一起，真相也愈发明晰，柯南在阿笠博士的帮助下揭露了真凶，没想到事情的症结可以追溯的十五年前……