就在警察要强行带走小五郎时，柯南在机械室和浜田的尸体上发现的有力证据帮他洗清了嫌疑，而目前最有可能杀人的就是上原，当大家要暗中逮捕上原时，木下出面说自己去劝他自首，五分钟后，屋内响起枪声，上原射伤木下逃跑。柯南重新回到竜神号调查并和铃一起进入海军山洞，却在这里发现上原的尸体……