在警方介入调查奈奈美母亲的坠亡事件时，少年侦探团的孩子们却不见了踪影，而现代当家的助手长濑先生也不见了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各样的机关，在塔内他们还遭到了神秘人物的追赶，当柯南反应过来时身边的伙伴们都消失不见，独自寻找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所说的话语，暗黑之塔宝藏的秘密即将揭晓。