来到熊本阿苏火山旅行的柯南等人不幸卷入了事件，盗取熊纹食品机密资料的犯罪嫌疑人试图取回赎金时被步美打断，藏有机密随身碟的熊本熊玩偶阴差阳错到了小男孩贾斯丁手中，与贾斯丁有过一面之缘的柯南等人好不容易才找到了他的线索，但却被犯人抢先了一步，现在丢失的不只是机密文件，连同贾斯丁也被绑架了。