柯南所在的班里来了一位新老师名叫若狭留美，若狭老师想在体育课前用石灰画线，却发现石灰已经用完了。柯南告诉若狭老师旧仓库里可能有石灰，元太和光彦开玩笑说旧仓库有幽灵出没，若狭老师感到很害怕，便拜托少年侦探团一同前往旧仓库。在寻找石灰的过程中，柯南发现一扇通往地下的门，众人合力打开门后，却惊人地发现了一具骸骨……