过去操纵Aquarion展开大激斗的神话的1万2千年后――地球被次元之门的彼岸袭击过来的无人机“Abductor”带来了巨大的威胁。作为对策，NEO DEAVA开始运用“Aquaria”。男女之间的合体被禁止神圣的合体兵器才能对其作出伤害。