国立半藏学院 是所位于东京浅草，就读人数众多的升学高中，但其实这间学校有着不为人知的一面。那就是国家专门培育被称为善忍的忍者秘密机关，通称忍者科。就读忍者科的飞鸟以及其他四名少女，在不被学院内的一般学生发觉的情况下，为了成为一流的忍者日夜努力修行着。某一天，飞鸟们为了修行而前往商店街去赶走不良少年。在这里飞鸟碰到了来浅草毕业旅行，却和朋友走散的少女。虽然仍在修行途中，飞鸟还是很热心地帮助那位少女寻找她的朋友。不料这名少女却暗中将短刀拿了出来…