秘立蛇女子学园―隐藏在黑暗只中的秘密教育机关，专门培育非法忍者，也就是恶忍。从蛇女中选拔出来的五人被派往潜入半藏学院，并偷取藏在半藏学院的超秘传忍法书。      
     另一方面，正在上课中的飞鸟等五人，在不知情的情况下听到了入侵者的警铃声。于是雾夜为了查看情形，到外面去看查情况后，发觉只有木偶倒在地上。此时教室突然发生异状，空间扭曲，被忍结界给包围住的整个学院中，蛇女子学园的成员们出现了。而且其中一人还是以前飞鸟在浅草帮助过的少女－焰。