终于到了该给大久保大臣回复的日子了。这一天剑心的好友们个个都非常紧张，深怕剑心会决定离开他们到京都去，小惠甚至准备了锁链想把剑心绑起来，真的绑不住的时候还准备灌他迷幻药。然而剑心依然出门去找大久保了。不料大久保在前往开会的途中，遭到了志志雄手下濑田宗次郎的暗杀，当场身亡。消息传来全国十分震惊，民众甚至开始恐慌起来，深怕政局会再度混乱，内战会再度发生。然而考虑到日本的未来，大久保的死使得剑心更下定决心重回京都，以铲除幕末余孽志志雄真实。剑心终于告别了神谷道场的伙伴们，以及心爱的小薰。