经由与“情报屋”吉米的接触，由美子与美滨学园的少女们得知如今的状况比预料得更糟糕。五个人失去了雄二，甚至被放逐出学园，但她们确保了新的活动据点，并策划着夺回雄二的作战计划。此时，神秘的协助者对少女们伸出了援手。另一方面，恐怖事件发生后立刻就被囚禁在“市谷”的雄二，在其地下深处与某个存在邂逅。从“她”的口中说出的，是关于姐姐·一姬死亡的真相，以及如今这个国家所面临的危机。