大战结束后，世界的主流不再是军队间在台面上展开的武力冲突，取而代之的是间谍们在暗中行动展开的“影子战争”。在迪恩共和国的间谍培育学校中成绩吊车尾的学生“花园”百合被选拔为执行不可能任务所新设立的团队“灯火”的成员。而等待着前往赴任的百合的，是以“世界最强的间谍”自居的青年——担任老大的克劳斯。以及一群奇特古怪的少女们。