来到港口城市的小智和皮卡丘一行人。在人群中看到了曾经一起旅行过的杰尼龟率领的杰尼龟消防队正在进行表演！现在杰尼龟消防队已经成为了被许多人喜爱的人气团体！！小智他们也来享受着表演。另一方面，火箭队成为杰尼龟的经理，好像有什么企图…！？