旅行中，火箭团突然袭击了正在悠闲沉睡的小智他们。总算是击退后，连皮卡丘和火箭队一起都飞到天空的远方去了!小智和失散的皮卡丘想要会合，互相寻找着对方…。虽然分开，但是一心同体的。两人能再次相见吗…!?