暑假开学日。在疲惫的响面前出现一架直升机，就像引导Symphogear装者走向新的战斗一样转动着回旋翼。舞台是南美的军事政权国家巴贝韦德。面对拥有Alca-Noise为武器、对当国国民进行镇压的巴贝尔德政府，直属联合国的超常灾害对策机动部Task Force“S.O.N.G”通过会议决定对当地武力介入。军事据点立即被镇压下来，但是——被不认人知的结界守护着的旧歌剧院有着三名炼金术师的身影，她们的名字分别是圣日耳曼、卡里奥斯特罗、普勒拉蒂。将炼金术的碎片转让给巴贝韦德政府的正是在热带夜晚绽放毒花般的她们。面对无情夺取人命的炼金术师们，玛利亚、调、切歌做好决不退缩的觉悟，使用了最后的LiNKER。