时间已进入十月，上条当麻一如往常地被饿着肚子的修女茵蒂克丝狠咬；一如往常地和学校内的朋友们打闹；一如往常地碰上接二连三的不幸。一切似乎都一如往常。但在同一时间，世界各地针对学园都市进行的抗议活动越演越烈，而学园都市亦在学园内举行了大规模的迎击兵器展览宣示实力。科学势力对魔法势力，整个世界在不知不觉中因为两大势力的对抗而渐渐地染上了烟硝的气味。黄昏时分，正当上条准备要去超市购买晚餐材料时，碰巧遇见了一位年老的女士，并且在胁迫的状态下被要求与她交谈。而这位女士正是学园都市统括理事会的成员之一．亲船最中。最中告诉上条，寄宿在上条右手中的幻想杀手，正是化解目前全世界各地发生的大混乱的关键…。