在经历学园都市暗部之间的激战后，暗部组织“集团”成员回归到任务与日常交错的生活中。有一天，“集团”的全体成员收到学园都市统括理事会的命令集合，任务内容为歼灭挟持孩童做为人质、威胁要引爆位在学园都市地底深处的超大型粒子加速装置的恐怖分子“迎电部队”。任务在集团成员的合作之下顺利解决，然而过程之中，他们意外发现了学园都市最高机密、代号为“龙”的暗部的相关情报…。