凌驾于人类的航空战斗力的正体不明的飞翔体“灾”。乘搭上海逃难船队的鸣谷慧遭遇到“灾”的袭击，然后被闪耀着红色光辉的神秘机体拯救了性命。某一日，慧在避难所的小松市偶然见到了那架眼熟的红色机体。它被运往的前往目的地……是航空自卫队的小松基地。