距离人类与冥兽的战争、迪斯托尼亚战争结束已经3年了。曾经作为大战的英雄大鸟居明日香退役不再当魔法少女，现在是以一名女子高中生的身份生活着。但是，在这样的某天里，街道上发生了恐怖事件……。