很久之前强风吹拂的彼方。史前文明时期。在一片沙尘的荒野附近的某个设施内的暗处，有个浑身是血，在地下攀爬着的男子用自身的权限启动了某个装置，留下个某个熟人（菲尼）的名字后就离世了……时间跳转到现代。S.O.N.G.本部浮出南冰洋，展开作战行动。此行的目的是对被称为“棺”的遗迹进行考察和对策探讨。但是，本应该是守护俄罗斯的南极科考队的，却发生了预想之外的事态——和“棺”自身进入直接对决！盛夏季节仍处于零度以下的湖面上，新生重制的Symphogear的机能发挥得完美无缺。虽然是无机质但是“棺”的攻击跟以前的强敌一样异常猛烈。超出物理学法则的超低温攻击立即将装者们击垮。6人全部昏倒。意识渐渐薄弱之际，立花响回想起了事情的开始。那是自己被问及相信什么、掌握什么，未曾见过的残酷的开幕！