故事发生在一个人魔神三种种族混杂的神秘世界。开朗活泼的赏金猎人青年法瓦罗正被正直的骑士凯萨追杀着，法瓦罗一面将凯萨玩弄于股掌之间，一边一如往常地借着击退恶徒赚取悬赏金。而在同一时间，一名叫阿蜜拉的神秘少女从天而降。

法瓦罗长出了恶魔的尾巴。这是阿蜜拉做为法瓦罗告诉她通往赫尔海姆的捷径的交换条件的亲吻，也就是契约的魔法造成的。阿蜜拉说只要告诉她捷径，就会将那个魔法给解除。其实根本就不知道什麼捷径的法瓦罗，虽然想趁阿蜜拉不注意时下手、将身体恢复为原样。

法瓦罗跟阿蜜拉来到了尼布鲁比尔，阿蜜拉将她独自一人把神之钥从圣域偷走的事情告诉了法瓦罗。另一方面，凯萨在雾之森林行进的途中昏倒了，当他在房间醒来时，眼前出现一位名叫莉塔的少女。

相信了巴克斯“那边有开向赫尔海姆的船”的情报，法瓦罗和阿蜜拉一同搭上了瑟雷法列斯号。而在这艘船上担任船长的，竟是法瓦罗的父亲过去的友人亚蒙。另一方面，凯萨正和莉塔一起追赶著法瓦罗。

阿蜜拉和保护她的凯萨被堕天使阿萨谢尔抓走了！阿萨谢尔为了知道她是受谁的指使偷走神之钥的，开始对阿蜜拉进行拷问，并且将阿蜜拉到底做了什麼事情告诉凯萨。另一方面，法瓦罗和莉塔为了得回那两人，决定动身前往阿萨谢尔所在的城堡。

法瓦罗等人逃出了阿萨谢尔的城堡，但是他们却遭到圣女贞德所率领的骑士团的逮捕。被押到沙利欧斯王面前的一行人，原本以为自己会被判处死罪，然而结果却是…

法瓦罗跟凯萨与被软禁的阿蜜拉，一同被拘留在亚那堤城中。就在此时，阿萨谢尔与帕祖祖所率领的魔族，为了抢走神之钥而像城堡袭击而来。贞德等骑士团展开了战斗，而另一方面，阿蜜拉却因为肚子饿了在城堡内大吃大喝。

法瓦罗等人打倒了阿萨谢尔。而在这个时候，阿蜜拉她做了一个诡异的梦，梦中有个人告诉她是个特别的存在的梦。另一方面，法瓦罗跟凯萨则因为贞德的建议，而获颁了骑士的称号。

法瓦罗与阿蜜拉离开了亚那堤，踏上前往普罗德希亚的旅行。另一方面，凯萨受到拉瓦利的请托，要追上阿蜜拉一行人并引导她们。而在这时在亚那堤，贞德却被沙利欧斯王刻上了魔女的污名，遭到了逮捕。

沙利欧斯决定将贞德以魔女的名义处以火刑。然而面对意图阻止的民众，骑士们却毫不留情地攻击他们，贞德因为无辜民众受到伤害而落下了眼泪。另一方面，法瓦罗、凯萨与阿蜜拉为了寻找阿蜜拉的母亲，在前往普罗德希亚的路上，这时却发生了剧烈的地裂。

经马尔基涅之手，法瓦罗化身成为了恶魔！然而，与神魔之钥融合的阿蜜拉依旧被困在球中情况不明。另一方面，莉塔与巴克斯、阿萨谢尔正搭着马车朝巴哈姆特沈睡的圣地—赫尔海姆疾驶而去。

吞噬了与神魔之钥融合的阿蜜拉，巴哈姆特发出了复活的咆啸。在世界正一步一步迈向毁灭的过程中，有人露出了邪恶的微笑，有人试图抵抗命运，各种思念与想法相互交错。然而无视于他们的想法，唯一的终结即将就此到来。