以现代为舞台的赤壁大战结束了，曹操心中的魔王被消灭了，南阳，成都，许昌的斗士们第一次迎来了和平的生活。然而一位现身许昌学院的美少女斗士打破了这一局面。将留守的斗士轻松击倒，甚至摆平了守家的曹仁。单人匹马直接打进校舍。来自凉州高校的斗士马超孟起向曹操发起了挑衅，似乎是为了无论如何都要和曹操一决胜负来报义兄的仇。

感受到许褚和自己实力上的巨大差距，还被敌人放过后，意识到自己无法打败曹操为韩遂报仇的马超连做梦也感觉到自己力量的不足。睡梦中惊醒后的她发现自己身在成都学院。淋雨发烧了的马超被担心她的成都学院主公刘备带回。见到刘关张三人后，马超感服于三人间的信赖，决心服侍刘备。由此成都学院五虎将集结。然而关羽却觉得与马超的相遇预示着新的战斗的开始。

马超和刘备一起被人数众多的斗士围攻，偶尔路过的孙策解救了他们，被孙策一骑当千般的强悍所震惊的马超提出要成为孙策的弟子，没有当场被接受后第二天为了得到孙策的认同而前往南阳学院，诚心地恳求，并通过了测试之后，马超得到了成为弟子的资格。然后孙策却似乎有意无意地，只是以修行为名而使唤她

和马超一起修行的孙策收到了召开大斗士大会的勅令。地点是银岛上的南蛮高校。举办者的名字是献帝。因为过去董卓篡位，正身充满谜团的献帝，到底是什么人...?目的又是么？绕过慎重起见的周瑜和陆逊，孙策毅然决定参加。可是出发当天，孙策在去港口的电车上睡过头了，赶不上船，另一方面，对这件事完全不知晓的马超为了给师傅孙策加油和吕蒙，还 有代替孙策的周瑜，以及其他各校的代表一起挤上了船。

开往大斗士大会的船被众多的南蛮高校斗士给袭击了。率领他们的居然是典韦！大战一触即发，船上成了激战的舞台。战斗正酣时马超失足被制服。南蛮的斗士们以她为人质要挟其他人劫犯。但是在关羽的激励下马超自行挣脱了。然而接下来的瞬间，无数的箭矢突然飞来，为了掩护马超关羽受伤并坠入海中并和为了追赶她而跳入海中的张飞一同失了踪

被抓住的周瑜一行向着南蛮高校进发。途中许褚带上马超趁机逃跑了。另一边，从咆哮的海浪中飘到陆上的关羽和张飞被南蛮高校的主公孟获所追击。为了保护因为受伤视力减弱的关羽，张飞独自一人与孟获对抗。然而终究是不敌受伤。为了挽救张飞的姓命，关羽选择了投降。同时，南阳和许昌都收到了以人质做威胁的劝降书。而成都高校主公刘备更是受到了南蛮高校另一位头领孟优的狙击。

赌上成都学园的存亡，赵云与孟优单挑并获胜。承认败北并求一死的孟优在千钧一发之间被刘备救下。然而，献帝派出的下一批杀手已经赶到了。南蛮高校的木鹿大王操纵着野狗群对成都学园形成了包围袭击之势。如此一来大家都会有性命之危，不希望这样的事情发生的刘备亲自出马战斗。然而刘备此时还不能控制自己的力量。于是，受了救命之恩的孟优对木鹿大王进行了劝降。

为了搭救孙策刘备解放了龙之力，然而因为心中又想要压制这股力量的矛盾冲突，刘备的身体被冰封。水镜先生和赵云得出结论能让刘备复原的只有关羽了。于是孙策为了解救被囚禁的关羽周瑜吕蒙他们，向着南蛮高校进发。南蛮高校这边，监牢中的吕蒙被献帝所传唤。然而等待着吕蒙的是似乎失去了正气的关羽。被勾玉之力而夺走意识的关羽向吕蒙袭来。

关羽和吕蒙再次展开命运之战。其中，关羽释放的斗气使吕蒙的左眼剧烈疼痛，因为吕蒙的左眼封印着1800年前关羽对吕蒙诅咒的龙。关羽释放出强烈的杀气，而吕蒙也被迫全力以赴。献帝企图通过命运之战让她们两败俱伤。同时，孙策在寻找周瑜一行人的时候遇到了马超。两个笨蛋斗士相聚，更减慢了寻找牢房的步伐。

关羽和吕蒙全力死斗，但吕蒙却不敌暴走的关羽，在一击强击后渐渐失去意识，朦胧之际赵云登场。发现关羽充满邪气之后，赵云决定与关羽一战，特A斗士的战斗开始了...另外一方面张飞带着冷艳锯寻找关羽，此时孟获再次出现挡住了去路，张飞陷入苦战。

吕布的勾玉带给吕蒙切断宿命诅咒的力量，吕蒙的奋身一击打破了斗士1800年前亡魂怨念的诅咒，打救了关姐的心。大战后的吕蒙关羽赵云都身疲历尽，就在这时献帝出现欲趁此时将她们一网打尽。虽然手无寸铁，怨恨献帝玩弄斗士的关姐还是撑起了遍体鳞伤、斗气所剩无几的身体。

以在赤壁之战战败的司马懿灵魂为主，众多在战场上战败的斗士怨念的集合，这正是献帝的真面目。对于以消灭所有斗士为目标的献帝来说，有破坏命运齿轮能力的孙策正是最大的阻碍，最后在孙策的大活跃下，献帝留下“只要还有一个斗士存在我都会复活”的话消失了。斗士们又回归到了日常生活，但関羽对献帝最后的话十分在意，就在这不详的预感中斗士们收到了不详势力的袭击...