从小失去母亲的高中生伊吹庆太，在湾岸的公寓过着独居生活。某天夜晚，庆太在移动拉面屋遇见了自称是黑的少女。付不起拉面费的黑，庆太好心地请了她一顿。黑开始说起了相同模样的人见面其中一人会死的事情。庆太被告知了“三位一体”的事情。

根据黑的话来说，“与相同相貌的人见面了就会死”就是人类的命运，那么理佐、真由和母亲是接受了这个命运才死的吗？在心里苦恼着的庆太，回到家后发现黑居然也在。好想是黑饿倒在庆太的家门前，茜把她捡了回来。对说着天真话语的黑，庆太生气地把她赶了出去。

庆太在去学校的时候，黑一个人在家，专注于身体锻炼。就在这时，新的下位元神灵正在接近。刚刚契约完的黑发挥不出原有的实力，单方面地受挨打……

从学校逃出来的庆太和黑与茜在家庭餐厅会合。茜提议去向警察通报一下，但庆太觉得对手身份不明和警察说也无济于事，这种事不需要较劲。黑的哥哥就是操纵下位元神灵的幕后黑手。对于说出了要打败哥哥的黑，庆太突然就发怒起来。同时，新的下位元神灵的身影在偷偷接近着他们……

突然出现的欧洲联合组织TNO的元神灵修塔伊那向庆太和黑提出了决斗的要求。对于修塔伊那坚韧的身体，黑的攻击完全无效，处于被动状态。就在这时，庆太萌生了与黑共同作战的想法。庆太和黑实现了更深层的同步，黑发动了自己的超越技！

庆太被元神灵水华魅给捉走了。她受比瑢的命令来抓捕元神灵黑，想把庆太作为人质诱出黑。正当水华魅准备把契约者的庆太杀掉的时候，她因注意到了某件重要的事而变更了计划。

“填补者会随着战斗的消耗最终导致死亡”水华魅的话语给庆太留下了阴影。庆太抱着复杂的心情踏上了前往冲绳的旅行，在机场却遇见了在与下位元神灵战斗的元神灵与其契约者。他是狮子神一族的元神灵揶云，知晓黑的过去，并称呼她为公主。

黑也失去了母亲这件事激起了庆太与黑战斗的决心，两人的羁绊也变的更深了。到达冲绳后居住在祖父的家里，庆太他们以唯一的照片为线索开始展开了对黑的哥哥的调查。几天后，庆太他们遇见了两个年幼的元神灵卡库玛和玛库娜。

从卡库玛和玛库娜听闻了7年前发生的变故后，庆太得到了关于照片和黎真的提示。但是，“仅凭自己真的能阻止暴走的黎真吗”心里开始不安的庆太。庆太在海岸一个人练习着Thousands的时候，一个样子很像母亲的女性·忍出现了。

刚刚打破了攻势的黑，却被超越技·魔流斗雫再次拘束了。不仅身体动弹不得，而且就连与庆太的同步中途断开失去了力量。就在这时，庆太被比瑢的契约者使用的禁忌的力量夺走了容量，陷入了濒死的状态。

消耗了大量容量的庆太失去了意识，救了他的是理应在4年前就死了的好友沢村。沢村向庆太说起了自己的过去，并向庆太寻求帮助。他准备利用三位一体系统，创造出理想中的社会……

为了阻止灵石被破坏，黑与庆太开始了与黎真的对峙。虽然两人同步后发起挑战，但因为与黎真的力量差距过大，黑的攻击完全无效。战斗过程中，庆太将自己仅剩的力量注入给黑后倒下了。黑感觉到契约者·庆太快要死了，心里牵挂着庆太的生命，便放弃了战斗。

与黎真的一战后，庆太用尽了力气而陷入了昏迷。他在脑海里回忆起了与黑等元神灵的相遇和战斗的过程。从此之后在等待着庆太他们的命运到底是什么。

自冲绳的一战半年后，黎真消失后，藏木利用主根源的力量在进展着对元神灵的支配。因为藏木的突进而决定撤退的TNO日本支部，受到保护的揶云他们被一点点逼到了绝境。就在这时，失去黎真这一目标，对庆太昏迷不醒的状态自感愧疚的黑一个人在街上彷徨着。

庆太他们得到了贝尔赫德和TNO的帮助，准备潜入藏木藏身的魁音寺酒店。此时，在魁音寺一族和总裁、社会上流人士聚集的会场上，举办着藏木的副总裁就职派对。在进行着演说的藏木的面前，庆太出现了。同一时刻，总是被人利用、抱怨着自己的命运的雪，下定决心要采取某个行动……

森罗是跟从黎真的狮子神一族的元神灵。对于黎真就是唯一君主的他，在黎真死后踏上了寻找自己葬身之处的修罗般的旅途。但是此时森罗因魁音寺最强的容量而展现出了恐怖的破坏力。究竟能不能把他打倒，成功救出茜呢！？

庆太见到了自己的根源。被逼上绝路的藏木以此要挟庆太，留下的生存手段就只剩下让庆太成为负根源。被迫要作出决定的庆太，与此同时开始了战斗的黑。究竟等待着他们两人的命运是！？

为了解开清净之地的谜团而去调查灵石的庆太他们，在他们面前，名为娜姆的元神灵出现了。她是知晓这个世界历史的极少数元神灵之一。娜姆述说的创世神话好像是解开三位一体系统和灵石的谜团的线索。

在灵王石之下，盯上了真神之力的元神灵·天麻与其契约者·琥珀突然出现在了庆太他们面前。黑和庆太因为天麻的超越技“缭乱有像”而被封住了行动。另一边，发誓要报仇的爱克塞尔与黎真展开了对峙。与水华魅签订了契约、得到了新能力的她到底能不能成功报仇呢？

黎真与黑之间因缘的对决揭开了序幕。得到了容量循坏这一能力的黑与操纵着光球的黎真展开了不相上下的决斗。相互之间都经过同步、碰撞着拳头。在决斗的尽头他们能看到什么！？

因为黎真破坏了灵王石，清净之地陷入了黑暗中。像是相互呼应一样，天崩地裂，灵王石的上空出现了一个暗黑球体。随着黑暗一起出现的谜之魔物。真神之力的复活、逐渐阐明的黎真的计划。黑身上所隐藏的真相到底是什么！？

因为真神之力而被火焰和寒气包围的清净之地，在这里真神与黎真的战斗开始了。虽然黎真受到了熔岩和冰块的攻击，但是通过Thousand“堇青深渊”而增强其超越技“千寻狮咆”的破坏力。另一边，觉醒的黑与庆太一起赶往帮助黎真。

得到了真神之力的黑与庆太同步后向真神发起了挑战。由于黎真的超越技而丧失了再生能力的真神，合二为一并获得了新的能力。战斗接近尾声，黑与庆太能不能打败真神，结束掉这一切呢？

距最后的决战数年后，在某个婚礼现场。婚纱装扮的茜的面前并没有出现黑的身影。与庆太的回忆、与黑的相遇、以及最初的战斗，这些事情在茜的脑海里渐隐渐现。

距冲绳的一战半年后，爱克塞尔为了完成对黎真的复仇，在寻找着新的元神灵。爱克塞尔与银虎一族最强的元神灵·水华魅相遇，并决定了要与她契约。准备签订契约的爱克塞尔想起了与修塔伊那的相遇。爱克塞尔和水华魅，都失去了原来搭档的两人，对契约这件事有各自的想法。