12年前，在利姆加尔德王国发生的事件留下了大谜团，正从人们的记忆中被忘却。时光流逝，尤伊和蕾娜两姐妹在艾纳斯特利亚皇国过着平稳地日常生活。在那样的一天，一个巨大的机体向艾纳斯特利亚袭来。以这天为界，少女们被卷进了命运的漩涡之中。

在码头战斗后的第二天，还是无法触及事件的真相，尤伊作为艾纳斯特利亚女皇回应记者招待会。强势的行为、蕾娜的宣告、利姆加尔德的关联和这次事件的真相令尤伊感到困惑。被雷兹鼓励后尤伊恢复了精神，但在那样的尤伊面前，名为英格丽德的谜之女性出现了。

阿勒克图眼看击退了敌方的雷加利亚·基尔。但是蕾娜突然发生了异变，整个人失去知觉。于是约翰对阿勒克图施加追击。此中提西斯出现，对阿勒克图进行斩击。蕾娜好不容易恢复意识，提西斯眼看事情了结便安然离去。事件后的第二天，在街上忙着祭典的准备的尤伊和蕾娜，与萨拉和蒂亚相遇。

两次事件以后，尤伊她们继续进行着调查。在临近建国记念日的某天，利姆加尔德王国的侍从武官亚伯来访问尤伊和蕾娜。“蕾娜大人就交给我吧”亚伯发出提案，但尤伊坚决不肯把蕾娜交出来，然而亚伯质问尤伊是否有足够的觉悟。

面对自己的弱点，尤伊和蕾娜注意到了大家的支持。两人决定与亚伯再次见面，制定一个计划。尤伊一边自己烦恼着，一边作为艾纳斯特利亚皇国女皇寻找自己应有的状态。然后在建国纪念日当天，下定决心的尤伊和蕾娜与亚伯再次对峙。

在尤伊她们享受短暂的休息时光的时候，自称雷加利亚的人来申请谒见。尤伊她们接受申请。在阿夫玛鲁亚尔特共和国总统塔拉奇的引路下，走向自古被奉为圣域的地方。一行人目睹了那里有许多雷加利亚的残骸，她们继续前行，与恩基的雷加利亚洛和契约者琉相遇。

尤伊她们在前往旧利姆加尔德王国的途中，受到在空中飞翔的约翰的雷加利亚·基尔的袭击。虽然不擅长在空中作战，但还是把约翰给击退了，并顺利地着陆。尤伊她们好不容易到达了12年前发生事件的设施中，在那里凯伊出现了。顺着凯伊的指引前往设施的深处，而英格丽德正等待着她们。

尤伊揣摩着英格利特所说的“共鸣”的意思。蕾娜和蒂亚在救出凯伊的途中，在12年前凯伊的记忆中了解了真相。另一方面，除去蕾娜和蒂亚的话无法将雷加利亚之力发挥极致，而尤伊和萨拉被约翰追逼着。在穷途末路的那一瞬间，英格利特做出了某个意外的行动。

以阿勒克图、提西斯、墨盖拉三者的力量击退了约翰的尤伊她们，英格丽德和凯伊被迎接到艾纳斯特利亚。困惑的英格丽德，被凯伊催促着度过短暂的团圆。英格丽德对尤伊说起尤伊母亲的回忆和亚伯的事。然后尤伊母亲的信仅仅只是一个内心的支柱。

尤伊一醒来就发现在自己的房间。不见蕾娜她们。一问起葵，不知为何说自己不认识蕾娜她们。相反地，这次尤伊注意到自己也开始被大家所忘记。城堡也回不了，与葵也联系不了了，对于就连好友雷兹也不记得自己的事实，尤伊感到愕然。

被机械之卢克斯所剩下的墨盖拉，以三个巨大的雷加利亚·基尔为对手陷入了苦战之中。而且，还弄清楚了在其中的一个机体中，乘坐着的是被约翰操纵身体的萨拉和蒂亚的姐姐·诺亚。借助与蕾娜相似的谜之少女的力量，尤伊、萨拉和蒂亚奔赴那个地方……。

因为提西斯和墨盖拉的活跃，成功解放了被捕获的人们的灵魂。但是，在约翰召唤的雷加利亚·奥玛兹德的压倒性力量面前无计可施。本以为到此为止的那个瞬间，黑色球体出现，奥玛兹德的攻击无效化。从球体中的现身的，竟然是被认为已经无法得救的阿勒克图。

舍弃巨大的外壳的约翰的雷加利亚·奥玛兹德显现出真实的样子。而阿勒克图用黑色的火焰包围着，迎来了极限。萨拉、蒂亚、英格丽德、凯伊也只能在一旁守护。在这绝望的情况之中，蕾娜放弃了，但是尤伊却不一样。为了把大家的思念延续到未来，尤伊和蕾娜对最后的战斗发起挑战。