在俗称“农林”的田茂农林高等学校里，有一群将青春投注在农业上的少年少女们，主人公畑耕作和青梅竹马中泽农以及挚友过真鸟继主攻植物栽培，他最大的梦想就是去东京与人气偶像草壁幽香一起发展时尚农业，然而，当他得知偶像幽香闪电隐退后，便从此一蹶不振，直到班里转来了一个可爱的女孩子——木下林檎，而此人正是耕作朝思夜想的偶像幽香。

老师将帮助林檎熟悉学校的重任交给了耕作、鸟继和农，想想能全天与偶像林檎在一起，耕作就血脉喷张激动不已。为了让态度冷淡的林檎尽快与大家熟络起来，四人玩起了“国王游戏”。翌日，耕作看见抱着脏衣服困扰的林檎，里面竟有一条内裤。被农和继目击之后宿舍内展开了哲学的辩论！

农提出要在林檎实习的第一天对她进行考核。于是，穿身着比基尼装甲和高开叉装甲的二人在黄瓜屋开始了首战，虽然农早已设下障碍，但林檎却毫不畏惧与并对手弄打成平局，之后，打扫鸡舍的任务林檎也轻松完成，心有不甘的农再次要求去水田进行插秧比赛，期间，动短裤、旧式泳衣、高叉比基尼、婚纱诱惑齐聚水田，而比赛则渐渐演变成了一场看点颇多的泥上摔角。

田里的蔬菜遭到大面积的破坏，大家忙着找真凶，这个时候胡蝶声称这是一个小孩弄的，大概是晚上八点左右，这个孩子穿着深灰色外套，抱着蔬菜在跑。可是中泽农却不这么认为，他觉得这起案件是一只猴子犯下的，毕竟野外的猴子也是双脚行走的，耕作也认同了农的观点，于是一场名为《因为猴子出现好蛋疼 来考虑对策吧》的会议开始了，大家能否想出一个保护农田的对策呢？

为了拿味增，耕作、鸟继和林檎来到B班的生物工学科，没想到人称四天农之一的“bio铃木”出现在他们面前，作为交换，铃木让耕作和鸟继试验新产品，耕作爽快答应，然而，在前方等待他们的却是……之后，耕作等人又遇到了同样身为四天农的“Woodman林太郎”和“ROSE花园 ”，就大家闹成一片之时，四天农的第四人蠢蠢欲动!

金上无意中听到萌米的热卖的对话，便对耕作提出了一起来做萌农业的生意，为了生意金上更是邀请了出名的插画家切符老师来助阵。在确定要做萌蛋生意后，金上用自己出色的口才成功获得了胡蝶的支持，于是萌蛋就此诞生了。随后萌蛋受到好评超级，但是随着订单的增加慢慢的出现了很多意外，最终耕作与金上等人的萌蛋生意最终会怎样呢？

因为收货季节的缘故中泽每天都会做超多美食，于是大家都变成了圆滚滚的胖子。之后林檎负责的大豆感染了白绢病只能全部清除销毁。就在耕作与继聊天时四天王出现了，并且给了耕作要送给林檎的味增和山百合。晚上忽然下起了大雨，为了抢救成熟番茄，全班人一起展开了通宵救援。看到大家举动的林檎能够在耕作的安慰下好起来吗？

因为良田对继的爱慕之心，引来了“独神”，为了保护大家继单枪匹马的打败了“独神”。就在耕作班的男同学因为良田的胸部大小，意外引发了一场关于巨乳与贫乳的狗血争执时，家政老师贝琪老师出现了。于是身为40年单身的“独神”贝琪老师，为大家带来了一堂充满了卖萌与黄暴的料理课。而这节料理课还会发生什么搞笑的事呢？

因为中泽从来没有见过大海，于是大家决定休假的时候一起去海边。结果周末暴风雨来临，只好被迫取消行程。因为暴风雨的缘故操场变成了汪洋大海，看到这样的场面中泽激动的奔跑出去，于是耕作等人就在暴风雨中玩耍了起来。就在耕作等人沉迷在游戏中时，金上发现因为暴雨而出现危及状况的农田，为了拯救农田耕作他们立刻采取了拯救行动……

在同学们忙着农活时贝琪老师赶了过来，突然坏掉的校长想要吃到真正的茄子，过真鸟继同学堵上自己的“茄子”与贝琪老师比拼谁带来的茄子更好吃，吃过继同学自己种的茄子后校长终于重振雄风。在继同学抒发自己的打算时Hexa Techs的校条社长出现了，这个不可一世的社长竟然是继的父亲，不肯退学的继和自己的父亲展开了究极与至高的蔬菜对决。

良田同学出国不久耕作和林檎受农所托一同回乡下的老家，刚来到农的家里的耕作便发现农的父母在安排着他俩的婚事，农的姐姐还把两人的婚事当做了振兴村子的关键，无法拒绝的耕作只能走走形式，一旁的林檎却非常生气。从耕作的口中林檎知道了他的过去，即便村子里的人们比较排外但林檎依旧喜欢着这个养育了耕作的村子。

第一回爱生村村宜正式开始，名为第一印象的游戏更是将气氛炒至高潮，但被林檎和农夹在中间的耕作感受到了前所未有的压力。被绑回来的耕作将与农举行婚礼仪式，担忧自己得不到关注的工揭穿了自己姐姐没有怀孕的事实，虽然耕作对于养育自己村子的感情消除了村民的愤怒，但同时选择农村和城市的想法可不能运用到农和林檎身上。