真宫寺樱带着很兴奋的心情来到帝都，因为从今天起 她就要开始为保护帝都而战，正式成为帝国华击团的一员 ，不过当她来到帝国华击团总部的时候，却发现那里不仅是总部，还是一座剧场。由于人生地不熟的缘故，樱不慎扰乱了花组的演出，所以大家对她的态度都非常冷淡；更糟的是，还使得光武因为樱的灵力感应而暴走，把帝国华击团总部搞得乱七八糟……

对于自己的灵力使光武发生暴走这件事，樱感到非常害怕而沮丧，因此便悄悄地离开了帝国华击团在街上流浪 ，所幸小虎这个小男孩的妈妈好心收留了她。此时，黑暗势力所派出的协侍在帝都的街上大肆破坏 ，眼看着小虎的妈妈即将陷入险境，樱终于明白自己真正该保护的是帝都所有的民众，于是便勇敢起身拔剑出鞘， 挥刀向巨大的协侍砍去……

樱终于正式加入了帝国华击团，不过由于无法控制自己的灵力，因此一直无法随心所欲操纵光武，以致在训练的时候吃尽了苦头。为了加强樱的训练，米田司令要求樱开始加入花组的演出，然而樱却始终不明白演戏和作战到 底有什么关系。协侍又再度袭击帝都了，眼看着玛莉亚与堇都驾机出动迎敌，樱不顾米田司令的反对，坚持要驾驶光武参加作战……

为了促进帝国华击团的战力整合与团结，米田司令准备寻找一名男性的新队长加入花组，因此便利用海军与神崎重工的武器实验时，藉机观察候选人加山雄一的表现。不料，海军在实验时突然发生意外，所幸大神一郎少尉勇敢挺身驾驶光武化解了这场灾难，米田意外发现大神拥有极高的灵力，于是便决定由大神来担任帝国华击团的新队长……

大神少尉才刚到任帝国华击团，大家都对他的加入都 感到很不习惯，尤其玛莉亚对于自己被解任一事更是无法释坏。米田与菖蒲前往一处秘密基地参与梦组解剖协侍的 任务，不料却引来邪灵与协侍突破封印来袭，为了拯救长官，大神队长率领花组急赴秘密基地，然而这次的对手比 起以前的实在是强太多了，再加上花组成员的战力无法整合，因此被打得落花流水……

由于上次的任务中被协侍打得非常凄惨，所以大家都 觉得非常气愤与不甘心。为了要增加整体团队的作战实力 ，米田司令紧急召回在花屋敷支部的李红兰与桐岛环奈归队 。李红兰对于光武一直有着一份异于常人的感情，长年埋首于光武开发技术的研究，她告诉樱：光武不只是一具机械，只要越是了解光武的心、越是喜欢光武，光武就可以发挥更大的战力……

为了增进队员的默契，大神队长要求花组的成员必须每天一起吃饭，可是除了樱以外，其他的成员却都显得兴趣缺缺的样子，大家都提不起劲来。花组的另外一名成员桐岛环奈一归建到队上，就很赞成大神队长作法，并提议大家一起作菜来培养默契，于是一群女孩子就这样吵吵闹 闹忙成一团，好不容易到终于完成的时候，警报声却突然 响起，协侍又出现了……

花组即将演出一出非常特别的戏码，所以大家拼命的 展开练习，而樱也为了这场演出放弃回老家祭拜父亲，非 常投入地苦练；不过，樱却一直无法跟上大家的脚步，这 一点让脾气娇纵的小堇十分不愉快，甚至还扬言要退出演 出。直到小堇看到每一个人为了明天的演出，都是如此的 努力付出，不禁深受感动，不但决定重新加入演出，还主 动教导樱的练习……

加山在前去调查黑之巢会时，遭到刹那与罗刹等的攻 击，大神为了拯救加山不顾危险折返敌境，不慎被刹那俘 虏。花组的成员虽然十分着急，但由于不知道大神所在的 确切位置，只好依指示在总部待命；然而，月组与梦组所 派出去的搜查小组却接连在途中失去音讯。就在这个时候 ，玛莉亚与樱突然不见了，原来她们已经不顾上级命令私自出发 去解救大神队长……

有一天，环奈突然告诉大家将有一个很大的台风会来 袭，虽然大家半信半疑，不过后来在气象台的证明之下， 大家终于相信环奈的话。台风真的来了，而且还是个超级的大台风，根据评估，帝都所有的建筑物根本承受不了如此大的风速，于是紧急避难警报随即发布。就在整个帝都都进入混乱状态，而花组成员也忙得焦头烂额时，环奈却又说台风不会来了。原来，台风是黑之巢会制造的……

花组准备展开为期一个礼拜的集训，由于平常大家都 忙着于舞台剧的练习，所以没什么时间做密集的训练，刚 好趁这次的机会好好锻鍊大家的体魄。在演训的过程中火山突然爆发了，红兰与樱因而被困在山上，樱在发现红兰 受伤无法动弹后坚持要留下来，因此遭红兰严厉的斥责， 于是樱只好依依不舍独自下山求援，而此时的火山仍随时有再度喷发的危险……

爱莉丝的生日到了，虽然收到父母从法国寄来的礼物 ，可是爱莉丝似乎不是很快乐的样子。由于日本并没有开西式派对庆祝生日的习惯，这使得原本满心期待的爱莉丝 因此非常失望。后来大家终于察觉到爱莉丝的愿望，于是 便办了一个热闹的生日派对为爱莉丝庆祝，谁知道爱莉丝不接受这个生日派对。原来爱莉丝曾有一段凄惨不幸的过去……

少女的决心在浅草地区突然出现了一座由黑之巢会派出的怪物聚集起的高塔，整座高塔散发出极为强大的邪恶灵力。为了要消灭敌人，大神率领樱、堇与环奈攻入塔内，然而由于高塔内部机关重重，光武的状况似乎很 不对劲，再加上敌人擅用人性弱点的心理战术，花组的整 体战力乃被分化殆尽，最后只剩下堇后樱先后抵达最高楼层，与敌人展开决战……

花组终于找到敌人制造协侍的基地，所以决定主动出击去消灭协侍的巢穴。然而就在大神率领 队员进入基地后，随即遭遇敌人的伏击，神出鬼 没的敌人不但声东击西分散了花组的战力，更轻 而易举地将大神等人的座机摧毁，花组的成员可说是个个命在旦夕。此时，一直不愿意驾驶光武的爱莉丝，由于不忍心看到伙伴们如此痛苦，终于登上光武前去救援……

樱的宝剑荒鹰在作战的时候磨损了，因为这把剑是樱的父亲的遗物，对樱而言就如同精神 支柱一般，为了不使樱的破邪灵力受到影响，因 此米田司令要求大神陪樱回仙台真宫寺家一趟， 希望能使荒鹰恢复原状。为了修复宝剑，樱必须 通过家族中一个秘密仪式的严酷考验；在仪式开 始不久，樱竟然看见父亲持刀的身影，为了通过 这个考验，樱似乎必须与父亲一战……

四百年前，人类为了得到魔界的力量而作了大 胆的实验，然而由于实验的失败，使得近五万居民伴随葬生海底，众多亡者的怨念乃化成魔物群起肆虐，从此帝都便出现了许多妖怪。为 铲除这些长期作乱的妖怪，米田、菖蒲、山崎真之介、真宫寺一马组成了一支只有四个人的降魔镇压部队；某日，这些妖怪突然融合在一起，为要拯救世人，樱的父亲一马决定牺牲自己……

樱带着刚修好的荒鹰宝剑，重新回到帝国华击团了，再加上终于肯驾驶光武作战的爱莉丝， 花组的实力可说是越来越为坚强。据情报显示， 敌人又再度展开了行动，花组成员随即驾机进入 战斗位置，樱在这次的战役中奉命担任攻击的中 心，负责解决敌方的首领；然而在小堇得知此役 敌方的首领是红弥勒后，竟不顾原先上级的任务编配独自深入敌阵，终于陷入了险境……

为了提升樱的灵力表现，米田司令决定由樱来担任下一出公演作品《灰姑娘》的主角，这使得 向来只在剧团中担任配角的樱十分紧张，因此在 排演时一直错误百出，再加上小堇严厉的批评， 樱在承受不了压力的情况下，整个人已陷入几乎精神崩溃的边缘。公演的日子终于到了，观众席 上早已万头钻动，眼看着舞台的布幕即将拉起， 樱却将自己关在休息室中不愿上台……

经过上次的作战，花组发现用一般的战术根本就无法对付敌人，所以司令米田就要求队长大神 构思一个全新的阵形，希望能将大家的灵力发挥 到最高境界；然而经过无数次的练习，米田司令 对于花组的战力表现仍不满意，大神不由得对自 己的能力失去了信心。花组在找寻天封海的任务中遭遇敌袭，大神随即命花组成员以破邪阵形迎战，不料还是被敌人轻易地击溃了……

樱自从成功演完《灰姑娘》后，在灵力的表现上也出 现了明显的进步。有一天，樱在路上与葵叉丹相遇，不过樱却根本不晓得。樱在接受葵叉丹所送的护身符后，开始变得很奇怪，不但灵力下降，甚至像中邪似地攻击花组成员。菖蒲毁掉护身符后，樱恢复了正常……

由于与黑之巢会的作战并没有很大的成效，再加上接 连失去了三个天封石，眼看着邪魔天海复活的日子将近， 情况已越来越紧迫，因此贤人机关便向米田施压，甚至希 望米田能让樱像一马一样牺牲自己的性命来拯救帝都。为 了不让这种事再度事发生，米田决定自己担负起所有的责任，只身前往与葵叉丹一决胜负，准备牺牲自己的性命与 葵叉丹同归于尽……

米田虽然想要牺牲自己封印葵叉丹，不过显然并没有 成央A而在菖蒲副司令的刻意隐瞒下，花组队队员也丝毫 不知道米田司令的事。帝国剧院内部突然出现为数众多的协侍反应，原来是葵叉丹率领手下大举进攻华击团总部，准备将花组一举歼灭；至此，一直把山崎当作偶像崇拜的红兰，终于发现山崎居然就是葵叉丹，所以感到非常失 望。由于敌军来势凶猛，菖蒲只好下令撤离帝国剧院……

由于黑之巢会攻陷了帝国剧院，所以花组只好 暂时撤至花屋敷支部，并将此地作为临时总部；然 而这个前所未有的大挫败使得花组成员个个心浮 气躁，而红兰也因为长久以来所坚持信念的破灭 ，沮丧地失去了奋斗的意志。就在花组上下乱成 一团之际，协侍竟又从四面八方向花屋敷支部来袭 ，花组虽企图以人造天封海引诱协侍予以围击， 但仍阻挡不了花屋敷遭入侵的命运……

花屋敷支部在这场战役中被彻底的摧毁，而花组的光武 也遭到严重的损坏，所以一行人只好前往神崎重工求助。 上野地区出现了一座巨大的秽土城，此时的帝都已呈 现一片败乱之象，看来天海复活的命运已无法避免。贤人 机关为了消灭黑之巢会，竟决定要爆破整个帝都，而花组 在神崎重工虽获得翔鲸号这个秘密武器，但若不能及时歼灭秽土城，帝都将无法逃过被毁灭的厄运……

花组与黑之巢会的决战已经进入最后的尾声，帝国华 击团的月组、梦组、风组全体通力合作，奋力将花组成员 送入秽土城，而葵叉丹随即派出黑暗势力中最强的机械兵器神威，与花组的光武兵团展开一场激战。神威是以帝都这块土地上无穷的憎恶、忌妒、仇恨、欲望等怨念为能量来源，其威力可说是无限大，因此纵使花组使出 了破邪之阵也无法伤其分毫，花组久攻不下渐露疲态，已逐步陷入危险的境界。最后，花组终于把神威击毁了……

这部电影的故事在某种程度上是基于今年3月上映的最新游戏《樱花大战3》的情节。虽然游戏的主角奥加米中尉讲述了故事的一个方面，但电影揭示了花谷米背后的秘密。奥伽米离开巴黎，结果留下了没有领导人的花谷美，因此一个新的字符将介绍在这里。将由大谷中尉接替的是前小泉的领导人拉切特·阿蒂尔，一个理性主义者和独特的个人，他给花谷带来了严重的问题。成员们现在和瑞切尔意见不合。与此同时，Teikoku Kagekidan正受到一些无关恶魔的威胁，一种新型的反kouma机甲（由一家美国公司带来）出现并试图取代koubu kai。由于大河町的缺席而屡屡犯错误，花谷町现在面临着前所未有的危险，而废除大河町的计划正在酝酿之中。