暑假结束后，第二学期开始了。面对那不曾改变过的校舍，与夏娜一同战斗的夜晚好像从来不曾发生过一样。但在这样平和的日子中，悠二却感觉到有些不同……

在悠二的行动下，能操控梦境的徒“戏睡乡”梅亚所施展的自在法被解除了，而她也被夏娜一刀斩成了两半。封绝被解除后的世界并没有任何改变，与平日相同的寻常早晨再次到来……

当他们看到新转来的转学生时，悠二和夏娜都非常惊讶，夏娜随即用封绝来作试探却没有结果。这位转学生叫作近卫史菜，看似平凡的学生，但外貌却酷似他们所熟知的某一位徒……

跟黑卡蒂有着相同外貌的转学生近卫史菜，在好心的同班同学帮忙之下，渐渐开始习惯学校的生活。可是夏娜对于近卫的疑虑并没有完全消失……

悠二接受威尔艾米娜的严格锻炼，从他的身上也渐渐能看出一些成长的迹象。另一方面，夏娜非常在意近卫史菜跟悠二的关系，不仅心情受影响，甚至还找了理由不参加锻炼……

御崎高中突然决定要举行学力测验。为了准备考试，绪方提议大伙到佐藤的家举办读书会。可是，看近卫一脸理所当然的样子坐在悠二身边，夏娜和吉田的心情也跟着受到了影响……

夏娜他们来到了“大户梦幻乐园”，干事是全班公认的规划达人-池速人。他想借这次的计划，来向他暗恋的对象-吉田展现他的优点，可是事情却有超乎他想像的发展……

透过每天的锻炼，悠二又向前迈进了一步。看著悠二进步的样子，内心觉得焦躁的佐藤回家以后，希望玛琼林能够锻炼自己。可是玛琼林只是冷冷的回了一句“你会死喔”……

玛琼林谈起了自己的过去。舞台是在历经大恐慌后没多久的纽约。对手是红世之徒“穿彻之洞”亚纳贝尔古以及守护他的“千变”修德南，而在战斗中负伤的玛琼林身边……

离清秋祭剩不到三个星期了，悠二的班上也充满着学园祭特有的兴奋感。大家讨论的话题几乎都集中在第一天的清秋祭重头戏-变装游行上。出场的人选除了夏娜跟吉田以外，连悠二跟史菜也在其中……

那是一个属于“清秋祭”的特别时间与空间。在欢笑声中，夏娜想起了悠二父亲-贯太郎说过的话。“如果有疑惑的话，只要把手伸出去就好”。另一方面，悠二的心中仍然无法抹去对“银色火焰”的不安……

第一天的变装游行揭开了“清秋祭”的序幕。夏娜他们穿著各自的华丽服装行走在商店街的路上。沿途中，他们看到前来观看的玛琼林朵与威尔艾米娜。在喧闹的声音之中，女孩们的心里却有着复杂的思绪……

当学校正在举办校庆活动时，一个琥珀色的龙卷风出现了。放出龙卷风的人是一个红世之王，“彩飘”菲蕾丝。她是创造出“零时迷子”的“约定的两人”其中之一。悠二在被抓到龙卷风的中心之后，在恐惧的心情之下，他放出了带有银色火焰的封绝……

“约定的两人”的另一半，“永恒的恋人”约翰；玛琼林一直在寻找的银色封绝。这两者都跟悠二有关系，玛琼林对他使用了探查的自在法，但只能得知“戒禁”发生了变质，以及多了一个来路不明的自在式……在谜团一个接一个的情况下，吉田一美向菲蕾丝提出了一个请求……

菲蕾丝利用过去的盟友威尔艾米娜和自在法“风之转轮”，想藉此拿回悠二身上的零时迷子。这时一具银色的铠甲打破戒禁，从零时迷子伸出手刺穿了菲蕾丝。在夏娜她们感到惊讶时，一个不可能在封绝之中行动的人物－近卫史菜出现在悠二他们的面前……

近卫史菜身为“红世之王”黑卡蒂的容器，在清秋祭结束时，她也因为被黑卡蒂回收而跟着消失了。而在事情还没有解决的情况下，吉田也收下菲蕾丝所给的宝具“希拉达”，面对战斗的恐惧与不愿退让的恋情，她的内心开始浮动……

悠二想要有所改变，他认为既然无法逃避，就只能变强才行。而佐藤决心继续跟随玛琼林，并立下了新的誓言。另一方面，田中则是决定远离这些战斗。在三名少年各自走向不同的道路时，在海外发生了一件外界宿被袭击的事件……

为了得到新的力量，悠二以自在师为目标开始进行锻炼。因为他在明白自己所处的情况后，希望能尽早得到力量然后跟夏娜离开这座城市。但是看著悠二的这副模样，夏娜却表明“我应该要很高兴的，却一点都不高兴”。

“聚散之丁”扎罗维在悠二的面前现身，他以御崎市的居民为人质，将悠二带往车站前的商店街。在那个不适合战斗的地方，这个存在之力微小的红世之徒，他真正的目的到底是什么？当推测变成肯定的时候，悠二的手中出现了银色的火焰……

悠二跟夏娜粉碎了扎罗维的计谋之后，巨大的暗红色火焰突然出现，像海浪般将威尔艾米娜跟悠二吞了进去。在火焰中现身的是一位别号杀手的红世之王“坏刃”撒布拉克。面对一个能隐藏气息，又拥有能使伤口扩大的自在法“烙印”的红世之王，三个火雾顿时陷入了危机……

与撒布拉克长期的战斗之下，威尔艾米娜也开始感到疲惫了，但幸好受到重伤的夏娜又重回了战场。从扎罗维出现开始，一直到现在都没有消失的异常感，察觉到这一点的悠二导出了一个结论。“我有一件事情想试试”，在悠二的提议之下，他们展开了一个绝妙的作战计划……

在圣诞节之前，某些人开始有了行动。佐藤联络了他所讨厌的父亲；即使知道结果，也要诚实面对自己心情的小池；要以自己的心意跟对方一决高下的夏娜与吉田。而悠二在得知母亲怀了一个新生命时，他更加确认自己心中的想法了……

“不属于这个世界的蛋壳”突然出现了。这个隐藏在御崎市的大型装置，到底是谁做的呢？吉田的宝具也产生了反应，她急忙跑去通知夏娜她们，因为悠二的零时迷子被取走了。另一方面，在“蛋壳”内部，某样东西正在蠢蠢欲动……

只能出生在红世的徒即将在这个世界诞生了。要破坏这个疯狂的计画，得先把零时迷子取回才行。夏娜跟威尔艾米娜想找机会靠近，却被修德南与黑卡蒂挡了下来。另一方面，被夺走零时迷子的悠二也还没有放弃……