宣布与D2停战的《扎甘宣言》之后过了4年。世间依然将“音乐”视为禁忌，无人奏响旋律。在荒废的美国，对音乐一无所知的少年，有一天听到了钢琴的旋律。演奏的人是黑发青年——“磔人”。而被他的音乐吸引而来的，是强大的怪物D2，和仗剑的少女“命运”。

一切从10年前开始。袭击波士顿街道的D2，和血染的音乐厅——“波士顿惨剧”事件。其中丧命的著名指挥家·朝雏健治，正是磔人的生父。时光流转，到了现在。失去父亲的少年，正独自沉浸于钢琴演奏。仿佛是要将自己的愤怒投入音乐中。负责照顾他的，则是和“命运”拥有同样长相的少女“珂赛特”。

化身为奏者“命运”的珂赛特。命运称自己是为了打倒D2而存在。从命运处接过指挥棒的塔库特，第一次作为“指挥家”使用力量。在他们面前出现的两位人物——“莱尼”和“巨人”。他们是对D2战略据点“纽约交响乐团”门下的指挥家和奏者。

磔人与命运，从莱尼与巨人处接受了正确的战斗方法的指导，同时向着纽约继续着旅途。但磔人与命运还是无法默契配合。就在这时，偶然遇莱尼的旧识“强纳森”再会。乔纳森带他们去到了自己所居住的“拉斯维加斯”。

与莱尼、泰坦告别的磔人一行人，在阳光照耀的荒野中前进。途中，将被和D2的战斗余波波及的火车紧急停下。从火车中走出来的，分别是穿着白色甲胄，和露出妖艳笑容的奏者。带着两名奏者的男子“辛德勒”，自报家门称自己是纽约交响乐团的首席指挥者。

磔人来到了某座小镇。这里年轻人逐渐消失，只有老人们居住。安娜与命运，在机缘巧合下被他们求助。另一边，独自在城里行走的磔人，在老旧的酒吧里听到了难得一闻的音色。那毫无疑问就是“音乐”。

安娜和命运在旅途中目睹被破坏的城镇。村子和民众，被接连苏醒的D2袭击。世界再度逐渐回到4年前“扎甘GM宣言”之前的状态。在D2不断扩大的威胁中，磔人似乎在一个人忙碌着什么。磔人面对着一片雪白的五线谱，想要创造出什么，拼命地敲打着虚空的键盘。

D2开始苏醒。磔人的故乡遇袭，珂赛特死亡。一切都是辛德勒一手策划。辛特拉为了这疲惫的世界，要舍弃下等人们。得知珂赛特死亡真相的磔人，愤怒地面对辛特拉。然而却被“地狱”所伤。看到磔人流血的命运，感受到了至今从未有过的感情。

磔人一行人到达目的地纽约。并与安娜的姐姐，在交响乐团技术开发部门工作的洛特再会。洛特开始检查作为不完全奏者的命运。就在那时，安娜发现了磔人的异样。磔人右手的印记，仿佛在侵蚀磔人的身体般，逐渐扩大。

莱尼回忆起了自己的过去。莱尼回忆起重要之人的脸。为了尽应尽之事，才一路走到今天。前往和巨人约定之地的莱尼，准备将一切真相告诉磔人和命运。然而，那里等待着的却是意想不到的人物。

随着扎甘哼出的音色，巨大的黑色陨铁开始蠢蠢欲动。如同大树般成长的黑色陨铁，开始吞噬纽约交响乐团。扎甘终于要开始为实现目的而行动。看到这异样光景的磔人和命运，得知安娜和洛特还被留在纽约交响乐团中。

命运是如此残酷。然而，不管神明给我们带来怎样的不幸，我们都会勇敢面对命运。为此，我们要战斗、战斗、不断地战斗——在终点，我得到了答案。欢喜，就在苦恼的尽头。好了，开演时刻已到。