奈叶与由诺初次相遇。平凡的小学三年级学生高町奈叶，在学校归来的途中突然听到求助声。并发现了一只受伤的雪貂，将其送往了兽医医院。 当天夜里，再次听到求助声的奈叶赶到医院后，再次见到了正被巨大黑影袭击的雪貂。从“会说话的雪貂”尤诺接受了魔导器“旭日之心”，变成了魔法少女。但是她却面对黑影的挑战…

在结合自身的魔力与“旭日之心”一起将黑影击退，并将其本体“圣石之种”成功封印，并成功封印第二个“圣石之种”第21号。奈叶认识尤诺之后，对他的挫折和肩负的责任感到难望，决定志愿帮助他。“圣石之种”侵蚀小狗引起了异变，赶到现场的奈叶意外得不使用启动口令便发动了“旭日之心”，并成功封印第三个“圣石之种”第16号。

奈叶渐渐习惯了“圣石之种”的收集工作，此日深夜在学校成功封印第四个 “圣石之种”第20号。奈叶的父亲高町士郎是“翠屋”咖啡店老板兼翠屋JFC足球队教练，他的足球队的守门员少年所持有的“圣石之种”和女友一起发动，造成大规模破坏影响。 奈叶发动探索魔法，魔导器变化为射击模式后，使用了新的远距离射击魔法“天神烈破”成功封印第五个“圣石之种”第10号。

奈叶和菲特初次相遇 在月村铃鹿家中参加茶会的奈叶，发现了被小猫发动的“圣石之种”所产生变“大”的影响。在奈叶刚一变身时，菲特出现。菲特在击晕奈叶后封印了“圣石之种”第14号。

奈叶和菲特的使魔艾尔芙初次相遇，以及再次遭遇菲特 在奈叶家人和朋友一起前往海鸣市温泉游玩时，“圣石之种”被发动了。当奈叶刚赶到时菲特已经完成了封印。 然后，两人就对峙起来，但是奈叶明显落入下风，最后还被迫使旭日之心排出了一颗“圣石之种”。

由于菲特的出现让奈叶深感迷惘，使身边的朋友感到毫无理解，就连月村忍也非常关心。晚上，菲特和艾尔芙使用魔法强制发动圣石之种，圣石之种第14号刚一发动奈叶和菲特就抢着封印，但都未成功。奈叶以前很理解艾尔芙的心情，但并不理解菲特的心情，随之为演变成战斗冲突。最终双方魔导器都被损坏，并引发次元震。

4月27日,为了查明小规模次元震的原因，时空管理局舰船“阿斯拉”开始向奈叶所在的世界进发。 由于不满菲特对“圣石之种”的收集速度，母亲普蕾西亚严厉的体罚了菲特。在海鸣临海公园，“圣石之种”第7号接触一棵树而发动，奈叶和菲特压制圣石之种后。刚要战斗时，被克洛诺·哈洛温执行官介入并阻止。

奈叶与菲特初次遇见克洛诺 在成功阻止第7号“圣石之种”之后，克洛诺进行了介入并阻止菲特和奈叶展开的战斗。该“圣石之种”被克洛诺回收。阿斯拉舰长琳蒂提督和克洛诺得知此事后，晚上，奈叶与尤诺分别出于约定和责任的要求协助收集圣石之种。经过琳蒂同意后，两人临时入局。

由于时空管理局的支援，奈叶的“圣石之种”收集工作进行的非常顺利。转移到阿斯拉之后10天的时间里。奈叶收集到了第8号、第9号、第12号三颗，而菲特收集到了第2号、第5号两颗，还剩下最后的六颗。但是，同时发动六颗“圣石之种”的菲特陷入了危机，奈叶不惜违反命令出手相救。最后在两人的合作下，六颗 “圣石之种”被成功封印。但是普蕾西亚的次元跳跃魔法击中菲特和舰船阿斯拉。双方再次陷入紧张状态，最终以艾尔芙和克洛诺分别捕获三颗后结束。

由于艾尔芙不忍心菲特被普蕾西亚虐待，最终发生冲突，被攻击重伤逃走后，掉落到奈叶所住的世界，退化成大型犬后被爱利莎收养。 对与偶然前来访问的奈叶和尤诺，和随后监视的克洛诺，艾尔芙以“解救菲特”为条件，向众人说明了整个事件的详细情况。 随后阿斯拉的任务即转换为了逮捕普蕾西亚，而奈叶则接受了解救菲特的任务。并在海鸣临海公园开始了与菲特之间的战斗。

双方赌上所拥有的全部“圣石之种”进行了最终战斗。最后，奈叶集中魔力炮“星光爆裂”命中菲特后获得胜利。而普蕾西亚的攻击击中菲特，夺走全部 “圣石之种”，暴露了自己的所在地。 时空管理局局员前去逮捕普蕾西亚，并在那里见到阿利西亚。在得知真相的菲特，陷入绝望。与此同时，普蕾西亚不惜引发 “次元断层”的代价想要和阿利西亚一起前往遗忘之地“阿鲁哈扎”。

以克洛诺、奈叶、尤诺三人为首，时空管理局武装局员们执行了时之庭院突入作战。本来已经崩溃的菲特，渐渐恢复。菲特决心结束自己的过去，而前往“时空庭院”向普蕾西亚解释自己终究还是她的女儿。并与奈叶合作，成功消灭强大的敌人。但是已经疯狂的普蕾西亚并未听进，最终和阿利西亚的遗体一起掉落在无尽的裂缝。菲特又被刚赶来的奈叶救走。

事件结束后，奈叶在本事件中成功解决获得表彰，而菲特在本事件中引发次元犯罪而逮捕，前往时空本局进行审判。菲特和奈叶单独见面时，菲特想要回应奈叶“成为朋友”的愿望，却对此一无所知，奈叶告诉菲特如何做朋友，只要“首先从互相呼唤对方名字开始”，就会成为好朋友。两人约定了一定要再次相见后，交换了束发带，踏上了离别的旅途。