距离人类与冥兽的战争、迪斯托尼亚战争结束已经3年了。曾经作为大战的英雄大鸟居明日香退役不再当魔法少女，现在是以一名女子高中生的身份生活着。但是，在这样的某天里，街道上发生了恐怖事件……。

再度变身成魔法少女,从恐怖份子手中救出朋友的明日香。这样的她，得知了同样曾是Magical Five的梦源胡桃的消息。并知晓了此时的胡桃仍在持续战斗着……

为了欢迎转学来的胡桃，明日香和朋友们一起去泳池玩耍。明日香远离了作为魔法少女战斗的日子，沈浸在平稳的生活中，可是……

希美被阿比格露一夥人监禁并拷问。知道了希美被绑架後的明日香虽然很焦急，但偏偏公安和M班却都无法出动。得知此事的明日香她…

明日香在魔术佣兵二人组的面前苦战著。另一方面，因为有胡桃的应急处理，希美捡回了一命。但是，希美所背负的伤痛，超越了外伤开始侵蚀她的精神…

追查巴比伦旅团的情报而来到日本的的米亚，和茱莉亚、亚伦一起进行潜入调查。另一方面，明日香在附近的七夕祭典当中，遇见了名为桑迪诺的直爽女性。

加入M班的明日香，第一个任务是前往北海道和俄罗斯的黑手党战斗。虽然疑似Magical Five的塔玛拉与其有关，但明日香还是出动前往现场…

居住在冲绳，平时受到父亲虐待的少女与那岭千里。有一天，她被巴比伦旅团的基斯变成了魔法少女。然后明日香也在同一时间前往了冲绳。

第6次异世界贸易会议（SIX NAHA）即将召开的期间，妖精王国“梅莉波克”的达彼拉将军穿过次元相位桥来到人类世界。可是这个时候，以她为目标的巴比伦旅团的基斯和冥界兽军团袭来。

希美和纱绫子被卷入了冥兽在街头闹事的战斗之中。米亚和塔玛拉伫立在前线战斗着，然后许多士兵都散去。剩下的明日香和胡桃，她们各自的战斗也现在打响了。

胡桃VS千里、明日香VS基斯，激烈的战斗持续进行着。以被改造成对魔法少女用兵器的基斯为对手，明日香陷入苦战。这时，为支援魔法少女的饭冢开始行动了。

SIX NAHA期间的战斗结束后，明日香回想起3年前魔法少女们说过的话。“如果这场战争结束之后……”魔法少女明日香给出的答案是……