某一天，原科特队队员早田进带着五六岁的儿子进次郎造访光之巨人纪念馆，期间却发生了意外事故。他对儿子有着超人般的力量非常困惑，于是约故友井手见面，说出自己失忆一事。在井手的引领下，早进惊讶地发现本已解散的科特队尚在运作。看到半年前的空难事故中出现一名谜之外星人的录像，强烈的刺激让早田瞬间恢复记忆。12年后，进次郎已经是高中二年级学生。某次见义勇为时因为控制不好力道致人受伤，进次郎正为自己的力量感到心烦。那个时候，一名酷似奥特曼的外星人出现他面前，说“这是不能存在于地球上的力量”，并对进次郎发起攻击。逃跑的进次郎来到运动场，那时父亲早田从天而降，对他说到“那家伙不是奥特曼！我才能奥特曼！”

早田穿着原式装甲，出现在遭受神秘敌人百慕拉袭击的进次郎的面前。他将进次郎抛到井手的直升机确保安全后，开始与百慕拉战斗，但是在交战中自己受到重伤。情急之下，进次郎决定回去救父亲。进次郎穿上井手赠予的奥特曼装甲，说出“有生以来第一次出尽全力去打倒敌人”后开始与百慕拉战斗。看到儿子战斗的身影，早田感叹道这是“无法逃脱的命运”。伯仲之间的二人激烈交战，最后由进次郎使出绝招·斯派修姆光线收尾，受创的百慕拉自报自己是“最初的敌人”后就离开了，进次郎也因疲劳而跌倒在地。

醒来后的进次郎见到了芝顿星人艾德。他说地球正面临新的危机，以百慕拉为首的外星敌人正准备攻击地球。艾德请求进次郎接下担当奥特曼的重任。犹豫不决的进次郎在准备装甲测试的时候，碰巧遇到交通事故的发生。进次郎穿上奥特曼装甲来到故事现场，成功救出被困的货车司机。第一次的救人行动收到了人们的感谢和关注，这让进次郎吃到当奥特曼的甜头，那之后身穿装甲的进次郎更多地出现在公众视野，参与事故处理。然后某一天，进次郎收到了一个要他去消灭外星人的任务。当他来到现场，看到的是……

进次郎被派去执行歼灭外星人的任务。当他看到艾达希克星人（エイダシク星人）正在食杀人类的模样，怒气上头地向敌人发起攻击，并穷追不舍地追着目标来到人口密集城市，结果殃及无数平民。而这却也是在艾德打算将外星人的存在公诸于众的计划之内。艾达希克星人嘲笑进次郎是个外行人，讥笑他模仿奥特曼的行为。听到卷入战斗的佐山玲奈那“请拯救这里的所有人，你可是奥特曼”一席话，对自己的道路有着迷惘的进次郎此时此刻决定作为守护大家的奥特曼而战；另一方面敌人也怒于自己被昭示作为邪恶外星人的典型首例，发起疯狂攻击。井手解除了奥特曼装甲的解除限制器，进次郎从而获取3分钟内力量释放的机会，全力地迎敌，最终将艾达希克星人消灭。

科特队发现最近的神秘连续杀人事件有外星人涉入其中，于是强制性地从警察手中将案件接手过来。调查案件的诸星弹，在井手的要求下带着进次郎来到“外星人之街”，去联络那里的一个情报贩子。那人却是生活在这个外星人聚集之地、体质匹敌于强壮外星人的地球人——杰克。另一方面，独自调查案件的远藤刑警发现了一个线索，并在现场遇到了一个正要逃跑的外星人。

某次任务中，进次郎不愿处死杀人的外星人，让诸星感到担忧。家里，早田和儿子谈起担当奥特曼的真正意义为何，名为奥特曼的诅咒然给他们无法像常人一样生活。另一方面，远藤刑警了解到所有受害者都是在佐山玲奈的论坛上恶意评论的人，决定引蛇出洞，让搭档仓田在论坛恶意留言。行凶的外星人·布利斯星人果然现身，一直监视着的科特队也采取行动。诸星装上“奥特曼装甲Ver.7”出现在布利斯星人面前，以压倒性的力量干脆利落地将对方诛杀殆尽。

进次郎在街上与突然出现的巨型外星生物（怪兽布莱克王？）战斗，一度犹豫不决的他陷入困境，但这激发出他的斗志，因而触发潜在的飞行能力，终将敌人斩杀。而这事其实是各人串通好，为了激发进次郎。此时杰克也带来了连续杀人案的情报，据说这些杀人行动其实是伊戈尔星人在其同伙们的唆使下的买凶杀人。然后，玲奈在巡回演唱会上，讲述了自己出生不久之后的母亲因卷入初代奥特曼和怪兽的战斗而去世的事（时间BUG），质问奥特曼的正义为何物。这时一个谜之人物闪亮地登上了舞台。

追查案件的进次郎和诸星来到玲奈的演唱会场，变身成奥特曼和赛文跟一名闯入舞台、自称“阿达德”的外星人交战，而百慕拉的现身更使情况愈发险恶，进次郎和诸星双双陷入困境。就在阿达德准备对玲奈下手之际，伊戈尔星人现身营救却反被屠杀。这时阿达德向观众说明连续杀人事件的真相，真凶正是玲奈的粉丝伊戈尔星人及其人类同伙。这次同伙为了将所有罪行嫁祸给伊戈尔星人，雇佣新的外星人杀手。隶属星团评议会的特工阿达德为了处决行恶外星人的任务，干掉那名杀手后取代他执行计划，引出伊戈尔星人将其处决。

进次郎的学校来了一名一年级的转校生，北斗星司。他向进次郎透露自己已经知道了进次郎的奥特曼身份。进次郎担心自己的身份会被他揭发而找来杰克商讨。那之后，第三名机动奥特曼也紧接着出现了，但他在行侠之后顺带捞走钱财的做法引起人们的争议。某天，进次郎在和导弹超兽贝劳克恩的战斗得到那名机动奥特曼“艾斯”的协助。艾斯称进次郎为“哥哥”、“前辈”，进次郎察觉到艾斯的身份可能就是北斗星司。

玲奈造访光之巨人纪念馆，遇到进次郎，于是向他打听这科特队和奥特曼的事情。原来奥特曼装甲上的科特队标志被她发现了。那时进次郎刚好接到出动任务，当他和诸星来带现场时敌人早已被艾斯消灭掉。艾斯投下头盔，表露自己是北斗星司的身份。星司被带到了科特队的基地，虽然星司是地球人，他的四肢却是采用了超前技术的机械义肢。星司梦想有朝一日外星人能被地球大众所接受，创造出一个让他的外星朋友夕子不用躲躲避避的世界。他希望为这个目标而战，于是请求加入科特队。而艾德打算利用星司找出背后协助他的那个人。另一方面杰克、阿达德也为了各自的目的开始行动。

进次郎看到星司依靠力量惩恶后却还要勒索的处理方式感到不满，两人争执无果于是发生战斗。诸星赶来支援，干脆利落地将星司打倒，然后将其放走。玲奈再次造访光之巨人纪念馆，约进次郎出来见面。玲奈明天就要飞往美国了，在此之前想要进次郎的联系方式。这时却发生了一个意外故事，进次郎谎称自己有奥特曼的联系方式然后匆匆离开，变身奥特曼去救人。但是进次郎的奇怪举动，让玲奈察觉到进次郎的身份可能就是奥特曼。玲奈请求进次郎代她向奥特曼捎口信，说演唱会那晚奥特曼应她的任性要求努力地去拯救所有人，对此表示感谢，并希望他能一直保持那份初心。

听闻夕子遭到袭击后，虽然知道夕子正被百慕拉保护着，星司仍无法抑制心中的怒火。这时科特队的艾德出现，交给了星司12年前空难事故的行凶集团的根据地的情报。星司决心去找行凶者报仇。一直照顾着星司的亚波担心星司，不得已前往光之巨人纪念馆求援。亚波向早田、井手、诸星、进次郎等人讲述了空难事故的真相——星团评议会幕后操作，意在暗杀飞往地球的先遣调查团；当时想保护一切的百慕拉最终仅救下先遣队的3名家人和无辜受牵连的星司。为了保护星司，进次郎、诸星以及科特队的精锐尽出。然而谁都不知道那是评议会要灭星司口所设计好的陷阱。监听一切的星司想利用进次郎他们打前锋，结果是科特队中了爆炸埋伏，科特队员全部阵亡。艾斯杀手及其团伙杀气腾腾地出现在进次郎和受伤的诸星面前。

星司单人匹马挑战艾斯杀手集团，但是敌众我寡和艾斯杀手的压倒性实力下，星司遭受挫败。重新站起来的进次郎和诸星马上加入战斗，奋力杀敌，但仍无补于事。在进次郎的鼓舞下，回想自己发誓要创造一个能让夕子笑着生活的世界的梦想，星司重新振作起来，使出最后的力量与艾斯杀手博斗。然而，艾斯杀手竟是不死之身。就在艾斯杀手准备处决遍体鳞伤的星司的绝望之际，沉睡在进次郎体内的力量觉醒了。装甲的限制器自动解除，力量释放后的进次郎迎战艾斯杀手，终将敌人消灭。这时另一个危机也出现。通过艾斯杀手的刀具发出的信号，一个巨大炮弹穿过次元洞穴从天而降。百慕拉现身，让人惊讶地使出斯派修姆光线解除了危机，取得进次郎的信任后将星司带走。这场战斗也就此收尾。