大战已经结束9年。玛利亚·诺埃尔在违法妖精交易拍卖会上再会了自己的发小维罗妮卡·西恩，但她已经成为了对烧毁二人故乡的男人的复仇者。玛利亚正要阻止和潜入调查的违法妖精取缔机关“Dorothea”的菲力·安达巴战斗的维罗妮卡——

在战争中，因为特异体质被妖精亚修克拉德附体的玛利亚。由于菲力的机智进入Dorothea。迅速，被派遣去做第一次任务。现身的黑手党是菲力的原战友的妖精兵沃尔夫兰·劳。

收到了维罗尼卡他们所寻找的黑之妖精书被发现了的消息.菲力与玛利亚去访问塔之都的妖精学者，凯恩与达米安。在那里出现的是谜之美女，Sweetie。被这个角色玩弄的两个人。

斯威特又一次盯上了黑之妖精书。操纵着妖精斯克莱卡，想要夺取黑之妖精书。因为玛利亚的舍身攻击成功击退。但是本应该回到本部吃饭，被她派来的清洁工给袭击。玛利亚被逼到穷途末路的困境。

被逼到绝境的玛利亚的眼前出现的是维罗妮卡。操纵着妖精布拉德多塔战斗的她。对激烈的战斗无法出手，对自己的无力咬牙切齿的玛利亚。当她的后悔达到最高峰时，亚修克拉德出现并暴走。高热狂吹，附近被火焰包围。另一方面，菲力也在和强大的刺客対峙。

迎接皇帝，首相两位大公，盛大地举行战争结束纪念仪式典礼正在逼近，引起了被准备实验的军方新型人工妖精失控事故，Dorothea的每一个人着手调查。担当妖精的保全与行政的妖精省，管辖军方的军部省也重视事态，出动了。得到与黑之妖精书黑之四有关的新的情报，玛利亚和她的同事克拉拉一起追捕成为线索的男人。

新型人工姚金凤失控事故再次发生，没有调查清楚的情况下，怀疑内部犯罪的上层部同事的对立激化了。菲力使用情报屋独自进行调差，还没抓住决定性的证据。再一次，得到了与中标黑之四相关的情报的玛利亚。男的在政府拥有很深的羁绊的权力者， 不能轻易出手。就像看破了这点一样斯威特现身了，提出了某项合作。

担心克拉拉的塞尔吉，菲力也汇合了。玛利亚他们奇袭作战很成功，得到了黑之四。另一方面，新型的人工妖精失控事故，决定在典礼上不采用新型的人工妖精。典礼当天，在天坛上站着的首相戈尔巴恩。于是，大公施瓦茨·狄塞与雷·道恩二人。雷是玛利亚和维罗妮卡的故乡烧毁的罪魁祸首。目光锐利地捕捉到那样的雷，维罗妮卡。在群众呐喊助威声中，案件引起了。

以首相暗杀未遂告终，阻止暗杀的海布兰茨公爵狄塞作为奖赏被认同了在这世界上仅有的七把妖精武器之一的持有。被命令与作为国宝的妖精武器弗拉塔尼尔一起担任狄塞的护送的菲力，玛利亚，奥兹，莉莉他们乘上了专用列车。在那里袭击者出现了。

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留下了巨大伤痕的“狄塞的叛乱”，雷·道恩挡在走到皇帝面前的施瓦兹·狄塞面前，阻止了他的野心。然而救国英雄的心中萦绕的是十二年前玛莉亚和维罗尼卡，还有自己的故乡苏拿的痛苦记忆。

拯救了皇帝的雷·道恩回到了领地。多萝蒂亚被命令保护雷·道恩，但是玛莉亚无法隐藏自己复杂的内心。维罗尼卡也尾随了正在护送的雷·道恩，等待着复仇的机会。途中，桥被炸了，一行人在古城住了一晚。接近雷·道恩的乌尔夫兰，还有维罗尼卡。玛莉亚和自由人再次对峙。

狄塞叛乱中在暗中活动的乌尔夫兰。最后背叛了所有人，这个男人到底是为了什么目的而行动的呢？在事后处理中，德罗地亚一直持续调查和揭发叛乱者。玛莉亚虽然自责，但还是担任了职务。在这样的情况下，自由职业者终于到达了被认为是内通于迪西的原王族克里斯托夫·拉恩的存在。

在国内唯一的贸易据点贝伦的船岛上，与大量的违禁品一起，发现了黑色的妖精书“黑之九”。马利亚等人前往确认。另一方面，妖精学者达米安和维罗尼卡，还有斯威蒂和帕特里两人也集结到了船岛。三大黑手党之一的“古伊·卡林”干部伊杰伊将与之交手，展开三场混战。

就这样，包括“黑之九”在内的三部黑之妖精书传到了古伊·卡林的手中，六部成为了妖精省的管理下。九个齐了的时候，会发生什么？对知道维罗尼卡过去的达米安，玛莉亚反对，但他暗示存在更危险的势力。自由人通过与斯威蒂的司法交易获得了嫌疑犯名单，开始了真正地揭露并毁灭古伊·卡林的作战，但是组织的手也伸向了政府内部。

由于多萝西娅的关系，“黑之三”也就是“黑之六”落入妖精省手中。剩下的只有格伊·卡林四大干部最后一个，伊杰伊所持有的“黑之九”。前往潜伏处的自由选手玛莉亚等人充满干劲。但是，埃杰根据自己的研究，产生了“培养型妖精兵”。

乌尔法兰夺走了“黑之九”，黑之妖精书终于齐备。用影子来引导它们的是马可•伯尔伍德和他的左右手格列夫·马瑟，为了同时检举妖精省，多罗德亚开始行动。他们的目的到底是什么呢？

爱因斯坦教团“黑之妖精书”所记载的“神兽”的复活。在搜查过程中访问苏拿的玛莉亚被称为“祸子”而被疏远，此外被称为“幸福生命”而备受宠爱的维罗尼卡的真相，以及为了神兽复活所需要的素材是什么，知道了这些秘密。

教团瞄准的最后的素材——“妖精附身”。据说如果他们一个人也能得到那个的话，拥有曾经毁灭了古代珍珠王国那样力量的“神兽”就会复活。而作为“妖精附体”的玛莉亚、雷·多恩、维罗尼卡三人，正因为教团的阴谋而被引导到罗达凯亚。

承载着各自的想法，被暗杀的首相的国葬车队在行进。强行举行葬礼的雷·多恩。以此为目标，乌尔夫兰率领妖精兵发动袭击。警护的泥鳅潜藏的维罗尼卡。玛莉亚在寻找那个。然后被战斗的味道吸引——比维·里克出现了。

在帕南山上挖洞，神兽复活。无差别彻底的净化袭击了人们。教团和里斯卡队正在毁灭，各自的战斗正在迎来结束，但是却找不到阻止神兽的办法。那时玛莉亚在神兽的咆哮中，感受到了破坏冲动以外的意志。

如果净化之光可以防止妖精武器的话，而神兽是妖精的成体，应该也可以用“BloodDotter”的力量来破坏“妖精器官”。玛莉亚和维罗尼卡为了阻止神兽而对抗。和赶来的自由人一起，玛莉亚投身到最后的战斗中。