帝国引以为豪的最高战斗力“使徒圣”。尽管伊思卡是最年轻获得该称号的人，但因犯了大罪而被判处徒刑。作为赎罪的代价，伊思卡被下达的命令是抓获“冰祸魔女”。对方是处于战争状态的涅比利斯皇厅的强力星灵使。来到战场最前线的伊思卡，与现身的冰祸魔女·爱丽丝莉洁展开对峙。

自从和冰祸魔女爱丽丝战斗之后，不知为何伊思卡的心无法平静下来。为了转换心情，在队长的劝说下，伊思卡在中立城市观看歌剧。然而坐在旁边的客人竟是爱丽丝。由于与战场上的对手在“禁止争斗”区域再次相遇，伊思卡和爱丽丝不约而同地知道了彼此的本来面目…

与冰祸魔女战斗被称赞，上面决定让伊思卡重返使徒圣。但是条件是抓住冰祸魔女。犹豫不决的伊思卡为了再次见到爱丽丝，再次前往中立城市。另一方面，爱丽丝知道了伊斯卡虽然是使徒圣，却放走了被关押的星灵使剥夺资格打入狱中。为了探寻真意，爱丽丝也再次前往中立城市。

N07部队在游乐都市侏罗克玩赌场。这是面对新任务的最后休假，同时，米司蜜丝似乎为了某种目的。另一方面，爱丽丝和燐也进了赌场，期待着与伊思卡重逢。但是，在其背后帝国与皇厅的新纷争的火种正在酝酿。

围绕星脉喷泉，帝国和皇厅内部也处于高度紧张状态。爱丽丝怀疑假面卿独占星脉喷泉。另一方面，伊思卡一行人虽然对星灵使入侵前线基地感到不安，但仍继续探索星脉喷泉。终于发现了目标，但是那里有巨大的陷阱和强大的魔女等着。

爱丽丝的脑子里全是伊斯思的事，燐劝她在中立城市与伊思卡再会。但是，这是燐要切断两人关系的计划。另一方面，伊思卡等人接到了潜入皇厅和活捕现任女王的任务。与此同时，米司蜜丝的身体也开始发生变化。

N07部队被命令为了夺回伊思卡而进入皇厅的国内。根据璃洒的指示，在救出伊思卡的同时，让别的队伍活捉现任女王。另一方面，爱丽丝带着伊思卡回到了皇厅，但是对第一次近距离接触的伊思卡的好奇心无法抑制。被监视的伊思卡和监视的爱丽丝开始了仅限一夜的同居生活。

在璃洒的策略下，超越之魔人塞林格越狱了。N07部队一行人试图趁骚乱逃离监狱塔，但被镇压部队包围。觉得情况很危险的爱丽丝，为了阻止塞林格，急忙赶往监狱塔。只剩下被关押的帝国兵伊思卡一个人。拼命抵抗的伊思卡采取的行动是……

面对曾经企图颠覆皇厅政权的魔人塞林格。在这压倒性的力量面前，燐陷入了困境，但赶到那里的却是伊思卡。为了满足与燐交换的条件以及爱丽丝的“愿望”，伊思卡发誓要打倒塞林格。以燃烧的监狱塔为舞台，黑钢继承者伊思卡和魔人塞林格的激战拉开了帷幕。

随着女王选拔的临近，皇厅的紧张感与日俱增。爱丽丝想离开王宫，但被命令远征外国的是妹妹希丝蓓尔。顽固地拒绝别人的她，有一个秘密。与此同时，伊思卡等人为了隐藏成为魔女的米司蜜丝的星纹而前往帝国外的度假胜地阿尔萨米拉。在N07部队要去的地方等待着的是……

与希丝蓓尔再会的伊思卡，为了阻止只有她知道的毁灭的未来，被迫需要伊思卡的力量。在这种情况下，皇厅和帝国双方围绕希丝蓓尔的行动加速了。爱丽丝为了确认王妹的真意，决定亲自远征阿尔萨米拉。提供了希丝蓓尔情报的帝国，也有某个计划要实行。

希丝蓓尔被假面卿和帝国的实验武器盯上。赶来的米司蜜丝等人拦住了假面卿，伊思卡为了保护希丝蓓尔与实验武器对峙。然而，这个武器却隐藏着帝国的无尽黑暗。在大国阴谋席卷的战场上，伊思卡和爱丽丝二人选择的未来是是诀别还是……