在釜谷市的“天万神社”，少女·皇缠做着巫女的工作。她和友人神主一族的后裔·草薙由麻，了解到天万神社曾一度进行退魔行，并感兴趣起来。不久后，暴徒袭击天方神社事件发生。用由麻在调查着退魔行时发现的“神附之仪”来抑制暴徒时，小缠成功与神结合=缠创。小缠在感到困惑的同时，一边操纵神之力退治了恶灵。

在缠意外的变身后的活跃下，天万神社内的骚动就此告一段落。然而不知所措的缠回到了家中，却发现自己被奇怪的神明给缠上了身。在由麻的建议下，意外获得了退魔之力的缠即将以退魔少女的身份展开退魔活动？！

银行强盗坚守事件平安落幕，而退魔少女的知名度也随着网络流传快速水涨船高。正当缠对退魔少女的身份以及与父亲伸吾之间相处的问题感到烦恼时，前些日子出现在天万神社的露西耶拉突然再度来到神社，并且表示要担任缠与由麻的家庭教师。

克拉莉丝回想起三年前的往事。克拉莉丝因为负责教导新人芙萝丝‧欧利恩斯而与她结为搭挡。相对于一心执着于消灭奈兹的克拉莉丝，芙萝丝则深信人类与奈兹一定能够找出战斗之外的相处之道。然而她的这个信念却招来了无可挽回的悲剧…。

在缠的协助下成功击败的宿敌「教义杀手」的克拉莉丝继续执行监视及保护缠的工作。希望克拉莉丝能够像个普通女孩生活的缠，有一天决定带克拉莉丝来到东京购物，而做为回报，同行的由麻向克拉莉丝提出了一项请求。

狐狸“空”与狸猫“海”，两个成对的高次元体成为了由麻的神明，于是由麻也正式成为了退魔少女，兴致勃勃的由麻立刻展开了退魔行动，然而在一片天下太平下根本就没有与恶灵有关的委托。正当由麻因为没有恶灵事件而感到沮丧时，突然收到了釜谷商店街出现了“幽灵”的情报。

转眼间进入了暑假。在露希耶拉的策划下，缠等人一同来到位在海边的天海神社旅行。傍晚，天海神社的巫女雨音弥生前来迎接一行人入住，同时缠也因此得知自己的母亲刊过去曾经在天海神社担任巫女的过去。

在弥生的活跃下，终于成功将奈兹击败，然而在战斗过后弥生也因为体力用尽而昏倒。在弥生休养的期间，缠从伸吾的口中得知了两人相遇的经过，并且再次了解到自己希望能与父母共度普通生活的愿望。这个时候，一对新的奈兹出现在露西耶拉面前。

奈兹的袭击造成的衰弱事件数量在釜谷市逐渐增多，而缠进行缠创进行退魔行动的次数也随之增加，每解除缠创就会失去一套衣服的缠快没衣服可穿了！在利伯维尔集采购完衣服后的缠与伸吾来到了瞭望台，然而却遭遇到奈兹的袭击，并且被结界困在瞭望台之中。

24个次元的顶点“顶次元”的次元穴出现在釜谷市上空。在由麻的祖父清玄的说明下，缠得知了当顶次元的次元穴开启的结果，以及母亲刊十年前做为缠创巫女的过去，而如今缠也将面对相同的命运，尽管充满了迷网，缠最后还是下定了决心。另一方面为了替同伴复仇，奈兹鲁道斯来到了天万神社。

从弥生口中得知了十年前刊动身前往顶次元的真相后的缠下定了决心。为了取回平凡无奇但无可取代的与父母共度的时光，缠终于不再迷网，决定也要前往顶次元带在顶次元奋战的母亲回到家人身边。

在前往顶次元的路上，原本以为已经被消灭的奈兹「教义杀手」费戈尔竟然现身阻挡了缠等人的去路，克拉莉丝决定留下来与费戈尔做最后的了断。随着克拉莉丝诚实面对自己的情感，战况产生了惊人的变化…？另一方面，在两人的协助下缠终于到达了顶次元。母亲刊就在顶次元之门的另一侧…缠这时再度许下了愿望，一个最平凡无奇、但对她来说比任何一切都还要重要的心愿。