成濑荆、深作葵、野村妙子这三个女孩的降落在发生了毁灭事故影响的前首都。这些女孩的使命是，救援核爆末世录后还在旧都生活的人类。　　在搜索幸存者的时候，一位穿着防护服身影的幸存者出现在她们面前。他看到了成濑荆的，想甩开救助。成濑荆给他一剂污染抗体疫苗，生存者从而保住性命。继续搜索幸存者荆们，另一方面，三岛教头正通过对电视的直播，对旧首都悲惨的现实向全国民众报道。

荆一行人发现了川端一家，并救出了川端夫妇的孩子未来，可惜川端夫妇不幸遇难双双去世。

妙子饲养的狼发现了一串钥匙，经证明是神秘的“派送人”的车钥匙。后来发现神秘的“派送人”竟然是导致核爆事故的机器的研发人司马传次郎。
在污染区生活的菖蒲婆婆失踪了，荆一行人自告奋勇去营救，却发现了一个高级战斗机。好在荆成功救出蒲菖婆婆，但事件又一次陷入谜团。

经过长时间的较量，荆利用地对空导弹将隐形战斗飞机射中使之迫降。通过教官荆得知这架飞机是一家名为“Yellow cake”的处理高位废弃物的公司所有。原来这家公司一直干着昧良心的勾当：将国外的高位废弃物扔进旧首都。
司马博士感到自己罪孽深重想要赎罪，便摘下面罩让自己感染辐射而死，最终被荆等人救下。

教官决定派出专用直升机来处理那些高位废弃物，就在处理刚刚完成，一架直升机遭到了不明人物的炮击坠毁。主角们在路边发现了遭到车祸的两位幸存者，得知不明人物是原本身负救援任务的第一师团。在躲避第一师团的攻击时，受到了两位幸存者同伴的救援得以逃脱，但是妙子在逃跑中腹部受伤，请求救援时，被告知救援三天后才可以到。主角们被带到幸存者们的基地（行星），妙子也得到了救治。

在行星中，主角们为了防止第一师团的攻击，准备了武器防止入侵。而第一道门的警报响了起来，葵以为是妙子的狼也追随她们过来了，跑去开门，没想到是第一师团，葵也被她们抓了起来。没想到，第一师团并没有发起攻击，而是发出了要主角们加入她们的公告后就撤退了。荆决定去救葵，结果遭到了第一师团的攻击，被教官派去救援保健班的扫除班正好赶到，救了荆，但是仍然没有救到葵。荆打算再去营救葵，经过一番苦战，结果荆被第一师团白衣服长官抓住打算同归于尽。扫除班遥人也终于赶到了地点，救到了葵，看见了倒在地上的白衣服长官和倒在血泊中的荆。

遥人看见了倒在血泊中心脏已经停止的荆，经过一番急救，荆的心脏又重新跳到了起来。荆被紧急送往了行星，在妙子对其的手术后，终于清醒了过来。葵觉得是自己害了荆，陷入深深的自责之中，把自己关进了杂货间，无论任何人叫都不肯出去。白衣长官被抓住关进了警察局，在遥人的一系列审问之后，得知了第一师团的目的是利用所有的核废弃物引爆，来使全世界陷入毁灭。幸存者中有一名孕妇要生产了，主角们决定带他去医院准备生产，结果发现路上都被辐射区域阻挡。

在去往医院的路上，发现是扫除组的另外两名队员歌音和诗音，在打开高位废弃物，来阻挡他们的行动。在和她们一系列的战斗之后，得知他们已经背叛，转入了第一师团的阵营中。

因为风的关系，被污染的区域（zone）正在向行星移动，主角们为了保护幸存者，打算躲避zone，撑到救援赶到，但是zone已经包围了四周，已经无处可去了，最后决定利用电车来突破zone。为了保证行动不被发现，分成了两组，一组去赶去修已经坏了的电车，另一组吸引歌音和诗音。

佯攻组成功的引诱了歌音和诗音，在公园发生了激烈的战斗，找到了孕妇孩子的父亲，成功和他联手。

在公园，第一师团动用了最后的秘密武器——铁蜘蛛，经过一番苦战，终于以荆和葵都昏迷为代价，干掉了铁蜘蛛。等荆醒来时，已经到了下午四点，按照计划，电车还没有过来接他们，遥人决定过去帮忙，最后以遥人的牺牲为代价，电车终于开向了荆等人的方向。

荆等人在等电车时遭遇了歌音和诗音，经过一番打斗之后，终于全员都赶上了电车。

就在大家还来不及为冲破zone赶到高兴，歌音和诗音驾驶者已经损坏的铁蜘蛛追了上来，在荆的努力之下，破坏了铁蜘蛛并救下了歌音和诗音。经过了一个晚上，救援终于来了，带走了幸存者，主角们又踏上了新的旅途。