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新选组来到江户后，土方废寝忘食的工作，一边积极向幕府争取战斗的机会，一边等待在大阪近藤局长伤愈归来。藤堂给土方暂时抑制发狂的药物，土方却不肯服用。山南为研制出克服变若水副作用的药，想取千鹤的血进行试验，被土方制止。近藤局长归来，接受幕府授予的官职，调遣新选组守卫甲府城，永仓对此表示不满。土方要求山南带领的罗刹队留在江户，其他新选组队员剪短头发、换上洋装向前往甲府城（冲田留下养病）。
新选组途径近藤的故乡日野收到热烈欢迎，并招募了新队员，近藤独自在日野停留一天，土方等人先行前往甲府城。斋藤询问土方有无获胜的把握，土方也认为胜算不大，斋藤对时代的变化感到迷茫，认为时代已经不需要武士和刀了。岛田突然来报，敌军已经先一步占领甲府城，新选组新招募的队员逃跑大半，近藤赶到后不顾永仓撤退的意见执意攻城，土方自请去找援军，让永仓再忍一忍。土方走后，战争爆发，新选组被敌人夹击，永仓、原田再次建议撤退，近藤仍然反对，但在看到前线的惨烈场面后终于下令撤退，自己却想赴死，被千鹤阻止。原田在与不知火缠斗时，遇到了纲道带领的新罗刹兵……
千鹤与近藤在撤退的路上遇到南云熏，熏想带走千鹤，千鹤拒绝，冲田突然出现保护千鹤，却在关键时刻咳疾发作……风间从背后刺穿了熏的心脏，又准备杀死偏离了鬼族的纲道，千鹤请求劝说父亲，风间同意了。回到江户后，永仓和原田离开新选组……
斋藤从天雾口中得知，纲道创造出来的罗刹获得强大的力量是以缩短寿命为代价，土方下令禁止增加罗刹队的人数，山南虽然反对但也无法违抗命令。新选组准备前往会津拒敌，山南和藤堂带领罗刹队先出发，斋藤在外训练新兵，新选组驻地为数不多的队员被敌军包围，近藤执意留下独身诱敌，掩护土方等人撤退。土方不得不服从命令带领众人先走，在半路遇到敌军，土方罗刹化歼灭敌人，却为留下近藤一人深深自责……
江户开城投降，新政府军取得戊辰战争的胜利。原田在江户城中遇到不知火，得知新政府重用纲道，而纲道想挑起战争来获得血液制造不死军。土方被步兵奉行大鸟圭介推荐为旧幕府军先锋参谋，新选组被分散在旧幕府军的先锋和中军中，却坚持举起诚字旗。土方对自己带领新选组没有信心，千鹤鼓励他。土方再一次罗刹化，喝了千鹤的血抑制住发狂……永仓担任副长的靖兵队与旧幕府军汇合，得知近藤被捕。攻打宇都宫城时，土方被风间的刀所伤，伤口无法愈合处于劣势，但由于双方处于战区被炮火干扰，只得收手。土方留在日光养伤，千鹤悉心照顾……
斋藤得到消息，近藤已经被斩首。拖着病体的冲田赶来，质问土方为什么不救近藤，千鹤开导冲田。斋藤代替受伤的土方担任前线指挥。原田和不知火埋伏击杀纲道的新罗刹队，两人杀光了整支罗刹队伍，纲道被原田重伤后跳河逃走，原田因失血过多而亡……为继承近藤的遗志保护土方保护新选组，已病入膏肓的冲田用最后的力量罗刹化后击败所有准备刺杀土方的敌军，土方赶到时，只看到满地的敌军尸体和冲田的刀……
斋藤暂代土方率领新选组到达会津，本不服从斋藤的会津武士在战场上受到了斋藤武士精神的感染团结起来共同抗敌。不久，土方到达会津，母成岭战役打响，旧幕府军各个方面都完全处于劣势，总督大鸟圭介下令撤退，土方等人不得不离开会津，前往仙台备战，山南和藤堂带着罗刹队先一步前往仙台。斋藤为履行武士精魂、实现保卫会津的诺言，请求留在会津拒敌，在高久村率部迎击新政府军时，冲向敌军枪炮……
土方率领新选组到达仙台，却没有得到先抵达的罗刹队的任何联系。海军副总督榎本武扬拜访土方，称仙台的情况十分异常，土方请求由新选组调查仙台近日出现的试刀杀人现象……藤堂归来，称山南可能和新政府勾结与纲道秘密会面。纲道带着新罗刹兵突然出现，强制带走千鹤，希望千鹤重振雪村一族，千鹤拒绝。山南上演无间道，与土方、藤堂一起大战新罗刹兵……新罗刹发狂，纲道为救千鹤而死，藤堂和山南也因耗尽生命而亡（灰化）……摆脱新罗刹控制的仙台藩选择归顺新政府，旧幕府军只有离开本土退往虾夷岛（北海道）。土方命令千鹤留在仙台……
土方用计击败了松前藩，顺利占领虾夷岛，旧幕府军的军舰等船只却因触礁沉没，丧失了仅有的海上优势。千鹤在仙台纲道墓前遇到风间……明治元年十二月，虾夷岛共和国成立，榎本武扬担任总裁，土方担任陆军奉行辅佐一职，陆军奉行大鸟圭介请千鹤来虾夷继续担当土方的侍童。再次见到千鹤的土方向千鹤告白。虾夷海军为扭转劣势兵行险招，却因风暴只剩回天舰一艘军舰，土方所在的回天舰伪装成美国输油船袭击了新政府军，回天舰以一敌八惨败，史称宫古湾海战。
新政府军登陆虾夷，土方率众成功在二股口拒敌，却因大鸟圭介所在的松前口失守只能退守弁天台。土方再次喝千鹤的血抑制发狂，向千鹤告白（KISS）……土方去支援被困的大鸟圭介，在一本木関门、异国桥间的战斗中被火枪击中，中枪后流血不止，千鹤用自己的血喂给土方（KISS）暂时止住了血……风间找到土方，舍弃了一切要与土方做一个了断，鬼化的风间与重伤罗刹化的土方决斗，风间赐予土方“薄樱鬼”的称号。最后，风间被土方刺穿心脏而死，土方枕在千鹤腿上紧闭双眼……
