在核燃料再处理设施的壁面被写上的文字“VON”。那就是一切的开始。然后在夏天时，有人在视频投稿网站上传了一则神秘信息。自称为sphinx一号，二号的两个人宣告。“新宿方面某些地方会有很大的烟火…”

袭击都厅的恐怖行动。被卷入事件的理沙，知道自己见到的那两个人…十二和九居然是犯人，让她慌乱不已。就在警视厅一片混乱的时候，sphinx一号二号又上传了新图像。

为了追踪sphinx1号2号，文书课的刑警柴崎也加入了其中。正在调查两个事件时，sphinx又发表了第三个目标。柴崎的推理是否能找到放置炸弹地方呢？

柴崎为了寻找犯人的线索，来到了拥有核燃料再处理设施的青森。就像在等待回到东京的柴崎似的sphinx又发表了新的谜题。一方，十二出现在离家出走的理沙面前。

理沙被带到九和十二的据点。但是对于处置理沙的方式，九和十二意见不合。被sphinx骇入，导致搜查情报外流的警视厅，出现一位来自美国的人物。

来自美国的少女五反将一军，扰乱了sphinx的恐怖行动。九的直觉告诉他是五在妨碍地下铁恐怖攻击。十二则担心五是否对他们有怨恨。就在这时，有自称是sphinx的人，发出了新的犯案预告。

在羽田机场的电子屏幕上出现了西洋棋的问题。那是五给九的挑战书。十二利用摄像头的死角进行反击的准备。而且柴崎也赶到了机场。台面下正展开围绕着炸弹的激烈攻防战。

柴崎被告知要无限期停职，但他还是继续独自搜查和恐怖份子的目标有着共通点，且有所关联的团体「新进和平塾」，并对其相关人员进行询问。这时九和十二正打算换个新据点，而待在旧据点的理沙收到了一个包裹…。

到理沙的五，把九与十二给叫了出来。到底该不该救理沙。两人的时间是有限的。另一方面，持续调查的柴崎发现了雅典计划的存在。雅典计划到底是什么？好不容易找到的计划关系人士青木，终于对柴崎说出了真相。

九到警察局去自首。九跟警方说他放置了定时原子炸弹，如果要解除的话就要接受他的要求。另一方面，柴崎前往阿西娜计划的中心人物－间宫俊造的所在地。如今一切的真相，都将暴露在阳光下。

由于五中途出手妨碍，导致九没有办法抵达记者会会场。这使得九安排自动播放的最后犯案预告和原子炸弹发射装置双双启动。九和十二还有理沙，在混乱无人的东京仰头望向天空。