在不列颠尼亚的解放高卢之战结束後半年，刚从扶桑皇国的学校毕业的宫藤芳佳，再次收到父亲寄来的神秘信函。那会是新的战争的预告吗？为了保护重要的夥伴，少女再次飞向天空！

宫藤等人前往罗马涅的途中，遭到新的涅洛伊的攻击。威尼西亚舰队全力迎战，芳佳也穿上战斗脚前往应战。威力变得比高卢那时还要惊人的涅洛伊，让他们陷入苦战！？

宫藤、莉涅、佩琳三人因为离开不列颠尼亚的前线已有半年的空窗期，不论怎麼练习还是迟迟无法恢复原有力量。坂本看到此景後，决定派三人到某座岛屿进行基础训练。在那座岛上等待著三人的是？

魔女们在新基地等待涅洛伊来袭，此时从卡尔斯兰寄来了补给品，原来那是运用了卡尔斯兰新技术的秘密武器！？得意洋洋的巴克霍隆，接到夏莉的战帖！？

在大家渐渐习惯新基地生活的某天，由於储备粮食已见底，因此决定前往罗马市区采购。由熟悉当地的鲁基尼负责带路、夏莉负责驾驶卡车、食材则由宫藤负责寻找。但是他们抵达市区後，鲁基尼突然不见了！？

坂本等人前往迎击涅洛伊，但明明已消灭小型涅洛伊，反应却没有消失。坂本用魔眼搜寻後才发现，原来核心的位置在一般武器攻击不到的地方。因此，他们决定派出所有魔女执行集体作战。

日前由设施队兴建的基地内大浴池终於完工了。结束训练的宫藤等人也因为满身大汗，来到久违的大浴池打算好好享受一番时，突然响起涅洛伊来袭的警报声，基地内也陷入一阵混乱！

宫藤突然变得无法飞行得很顺畅。她与莉涅一同前往大和号并在舰上遭到涅洛伊的攻击，但她甚至连战斗脚都无法启动。莉涅看到宫藤迟迟无法飞起，於是做出了某个决定。

佩琳正努力协助高卢重建，当她知道兴建中的小学即将完工的消息後感到很开心，但她随即又从村里的小孩口中得知因为桥坏了，其他朋友没有办法来上学。於是，佩琳开始思考如何才能把桥盖好。

与涅洛伊的战斗越来越激烈，此时军司令部为了布局最终决战而下令夺回被涅洛伊占领的岛屿。由於这次是采取突袭攻击登陆岛屿，因此需要选出两名魔女担任开路先锋…。

坂本的魔法力眼看就要达到极限，此时军方决定对威尼西亚上空的涅洛伊巢穴发动总攻击作战。明娜率领的第501统合战斗航空团，奉命护卫联合军的决战武器…。

正当联合军与占领罗马涅地区的涅洛伊进行最终决战时，第501统合战斗航空团的成员却将魔法力使用殆尽。联合军的作战最後也因失败而被迫撤退，但此时宫藤芳佳却独自挺身而出！