天明从噩梦中惊醒，他的身体情况令盖聂十分担忧，而乐观的天明却毫不畏缩。大铁锤与他的两个弟子在机关城外巡逻，遇到了卫庄手下暗杀集团的隐蝠，隐蝠的袭击悄无声息，大铁锤几人不得不提高警惕，同时，卫庄派出另一位高手悄悄潜入机关城。天明睡不着来到房外，遇到路过的少羽和高月，少羽提议让月儿为他们介绍下机关城。

大铁锤与隐蝠展开了激烈的交战，但很快大铁锤就被隐蝠制服，紧要关头，高渐离出现解救了大铁锤，雪女亦随之而至，令整个局势大变。少羽、天明和高月来到墨家禁地前，少羽与天明不听月儿的劝阻，二人刚准备进入就被徐夫子挡在了门外。机关城内，小高与盖聂擦肩而过，一时间剑拔弩张，班大师急忙出面阻止二人。

卫庄统领下的秦兵想要攻入机关城，却被城外密布的陷阱、机关阻碍。加入卫庄阵营的公输仇以机关蛇逼退了墨家的机关白虎，并与卫庄商议攻占墨家机关城的办法。天明赴少羽之约出去找他，却在路上遇到了高渐离和雪女，两人的对话令他越发迷惑自己的身世。天明、少羽、高月三人闯入墨家剑池，天明的咒印突然发作。

卫庄得到了机关城的设计图，公输仇断言可凭此进入机关城内，并找到瓦解机关城的弱点。高月想要压制天明身上的咒印，却差点被反噬昏迷了过去，端木和徐夫子及时赶来救助天明，徐夫子将他们赶出炼剑池，对少羽的疑问避而不答。徐夫子在巡视机关城重地中央水池时遭到暗算，小高断言是盖聂所为，两人发生冲突之际，端木蓉挺身而出。

盖聂被软禁，天明要进去却被阻拦在外，天明十分生气，大闹着指责端木蓉几人，最终被雪女点穴安静了下来。高渐离发现机关城内可能潜伏着危险的敌人，然而中央水池经过检验竟无丝毫异样，令众人颇感蹊跷，机关城内加强了防守。另一方面，秦始皇等待墨家灭亡，而卫庄已下令准备行动，一场杀机浓厚的阴霾正向机关城席卷而来。

机关城内迎来三百年来最大的一次浩劫，迅速扩散的毒性令整个机关城陷入危机中。少羽和高月前去寻找天明，却在途中遇到了潜入机关城的敌人，危急时刻，幸好端木蓉及时赶来帮助他们。另一方面，天明从自己房间逃出，盖聂告诉他，要靠自己的力量度过危险，于是天明在盖聂的指导下，沿着藤蔓爬过悬崖峭壁。

少羽几人救了天明后正打算离开，却路遇秦兵，四人迎战之际，苍狼王忽然现身，众人难以抵挡他的攻击，处境陷于危机之中，这时高渐离及时赶来，迅速击溃一众秦兵，并打败了苍狼王。不料，卫庄竟突然出现，与小高展开了一番激烈鏖战。端木蓉带天明几人离开，面对追击而来的隐蝠，她做出了孤注一掷的抉择。

班大师和高渐离几人进入墨核密室，卫庄及其手下一时间无法攻入中央大厅。公输仇送给了卫庄一份“神秘大礼”，并且凭借此物攻入了中央大厅，而卫庄竟以墨家弟子作人质要挟密室中人，局势陷入僵持状态。天明、少羽和高月在墨家禁地内齐心协力度过危险重重的“虎跳”，然而在前方等待他们的是更危险的机关。

墨家禁地内，天明、少羽和高月三人将通过机关“猿飞”，天明首个挑战，却在途中遇到危险，少羽仿佛心中有事，令天明和月儿险些丧命。面对万丈深崖的“猿飞”，少羽最终克服了自身恐高的心理，与天明、高月一起度过了危机。三人在禁地内看到了当年荆轲刺秦的壁画，心中不禁疑惑丛生。与此同时，公输仇再次使出机关兽，准备闯入禁地。

“龙喉”机关中，高月认出了三人面前的那个音盒是赫赫有名的幻音宝盒，这时在三人上方出现了黄道星图。密室中众人得知三人到达了“龙喉”都十分担心，然而高月仔细地观察密室，从中获得线索信息，她以过人的见识和冷静的头脑最终解开了幻音宝盒的奥秘，令三人脱离险境。接下来，出现在三人面前的是两条不同的道路。

天明、少羽和高月在禁地中面临侠道、王道之择，忽然出现的危急状况让三人不得不分头行动。踏入王道之室的少羽面剧情介绍对的是一副棋盘，却不是围棋，而是与围棋棋理相反的墨攻棋阵，整个棋局瞬息万变，令少羽措手不及。另一方面，班大师为众人介绍墨攻棋阵，少羽能否赢得这盘特殊的棋局牵动着众人的心弦。

在王道之室中赢了棋局的少羽得到了破阵霸王枪，满意的继续前进，另一边，踏上侠道之路的天明和高月面前出现了众多铜人，天明大步走上前，高月随后跟上提醒他小心，高月感觉情况不对，却没有注意到二人走过地板时已经触发了机关。侠道上巨大的青铜人居然动了起来，天明和高月被铜人阵困住，险象环生。

高月发现天明从铜人身上拿下的钥匙就是墨家历代相传的至尊武器非攻，二人继续前进，却不慎落入了一个神秘的地方，他们在这里遇到了同样被机关困住的公输仇，公输仇告诉了他们墨家禁地的真正意义，并为他们讲述了渊虹与残虹的渊源，以及荆轲刺秦王的过程，天明不相信公输仇之言，急于出去寻找盖聂，而公输仇利用这点准备继续他的计划。

听了公输仇的话，天明为了解救众人，决定下水打开玄武水阀，按照公输仇的嘱咐，天明屏息游向玄武水阀，而在牢室的高月发现了公输仇的身份，处境变得危险起来。玄武水阀被天明打开，机关城注入了纯净的水源，与此同时，班大师突然醒悟到卫庄的真正意图，为了阻止他的阴谋得逞，盗跖以神行术突破重围，离开了中央大厅。

天明被机关玄武缠住不得脱身，颈上的阴阳咒印起了反应，天明挣扎着陷入了昏迷。天明在梦境中看到了过去所经历的事情，他梦到月儿为他讲述燕国的故事，梦到他和聂大叔一起启程踏上荆棘之途，盖聂大战三百秦兵，以及之后与少羽等人的相遇。昏迷中的天明感到呼吸痛苦，过去的回忆让他发现了自己的渺小，这段漫长的旅途就像一场噩梦。

梦境中的天明仿佛身处在他所不知道的世界，周围一片战争的残骸，天明乘坐的马车一路向前，正当他疑惑之际，掉入到了一片冰天雪地中，他远远地看到了月神的影子，却突然被不知哪里冒出的蛇群困住，天明从梦中惊醒，逃出了玄武的束缚，并从公输仇处救走了月儿。而从密室中冲出的盗跖被白凤缠住，难以脱身。

高月操纵白虎带着天明和少羽离开，却在途中遇上了公输仇的机关蛇，月儿告诉二人，白虎原本是由两位成年人操作，于是在高月的指挥下，天明和少羽一起帮助操作白虎，三人配合逃脱公输仇的追击。另一方面，赤练和无双打算攻入墨核密室，高渐离施展易水寒阻止了蛇群的攻击，而正当班大师命令关闭密室大门之时，大铁锤被机关无双抓了出去。

在卫庄将要杀害端木蓉的紧要关头，盖聂忽然现身。鬼谷派每代只收两个弟子，一纵一横只能有一人胜出成为下一代掌门，一场命中注定的生死对决在二人之间拉开。危急关头，端木蓉挺身而出，却没有躲过白凤的攻击，端木蓉此举深深震撼了盖聂，也燃起了他更加炽烈的怒意。二人再度交战。此时，“天明”出现，盖聂让“天明”站在自己身后，“天明”却拿起剑刺伤了盖聂……