两千多年前中国正处于战国时代，秦王政使秦国成为战国七雄中的最强者，而挡在他吞并六国的征途上的最顽强的对手就是南方的楚国。公元前222年，秦国派出名将王翦和蒙武率领60万大军进攻楚国，而以楚国大将军项燕为首的项氏一族也率领了40万军队迎击，这场战斗决定了100万人的生死。项燕的孙子项少羽也投入到了这场战斗中，奋勇杀敌。

秦楚之战，项燕兵败阵亡后，其孙少羽率领的项氏军队与秦国名将蒙恬的黄金火骑兵交锋于战场上。少羽虽然年少，但是英勇善战，令蒙恬刮目相看，蒙恬提及项燕之死，激起了少羽的怒火，二人激烈交战，然而还是无法改变项氏军队被困的处境，这时墨家出手援助，高渐离、雪女、大铁锤、盗跖的到来，解救了项氏一族。

背景回到机关城中央大厅内，易容成天明的黑麒麟从背后偷袭盖聂，黑麒麟露出了真面目，盖聂要杀黑麒麟，被卫庄拦下，黑麒麟退下，盖聂和卫庄再次展开了激烈的决斗。盖聂回忆起年少时与卫庄同在鬼谷门下的往事，师父鬼谷子给二人安排了一场从玄虎口中救人的考验，这场考验也是对两人修业的考量。卫庄迅速完成了考验报告师父，而盖聂却迟迟未归……

盖聂使出绝招百步飞剑，正当墨家众人认为局势已定时，卫庄竟然也使出了一模一样的百步飞剑，盖聂对此惊讶不已，很快便猜测到师父鬼谷子定是已经遭卫庄毒手。卫庄终于胜过盖聂，渊虹剑被鲨齿斩断。看着断剑在空中飞舞，盖聂回想起少年时的两人，他曾说过不要被鬼谷纵横弟子注定要一决胜负的宿命所左右……

端木蓉的回忆里，师父向还是少女的她说起盖聂这个孤独的剑客，师父告诫她不要爱上一个以剑为生的男人，然而端木蓉的心早已隐隐偏向这个以剑为生的男人了。多年后，秦皇为了抓捕带着天明逃亡的盖聂，不惜放出了死牢深处的危险囚犯前往追捕。逃亡中的天明，自从遇见盖聂后就不停地被追杀，因此对盖聂很不信任，并处处与他作对。

盖聂带天明一路逃亡，秦始皇派出的杀手都被盖聂一一消灭，天明对盖聂很是崇拜，希望能变得跟他一样强，而盖聂则是认真地向天明讲解了侠之为侠的真正含义。机关城大厅内，盖聂身负重伤，不支倒地，天明赶来豪言不会放过卫庄，激动之余，阴阳咒印隐隐要发作。赤练趁机对天明使用火魅术挑拨离间，令他将矛头指向墨家众人。

无双对战大铁锤，两个力量型的高手开始了声势浩大的一战。大铁锤的雷神锤引起电闪雷鸣，不过机关无双也不示弱，霸道机关术强化的致命攻击令大铁锤无还手之力，大铁锤被无双制住，挣扎不开，意识渐渐飘去了遥远的往昔。那时，大铁锤还是燕国的一个下级将官，为了解救三个兄弟，他被燕国大将军晏懿刁难，赤手举起盛满热油的铁鼎……

大铁锤救下了阿纲、阿金、阿明三人，但也受了重伤，阿纲、阿金、阿明三人深感自责，发誓今后无论刀山火海都要跟着大铁锤。两年后秦国派王翦举兵攻燕，燕国前路未卜，阿纲内心惶惶不安，大铁锤所率领的先头部队遭到秦兵突袭。区区两千人无力抵挡秦兵（阿明战死），阿纲被派去求援，大铁锤则带领着阿金等兄弟们死守山岗，阿纲终于找到统帅晏懿，然而晏懿为了报复当年一事，早就算计好要拿大铁锤他们作为牺牲品……

从悲愤的回忆中醒来的大铁锤，以势不可当的气势反败为胜，将机关无双打趴在地，赢了第一场对决，不过大铁锤自己也已经到达了极限，不支倒地。接下来开始了雪女与赤练之间的对决，打斗间雪女的状况渐渐变得怪异起来，原来赤练早已借助蛇阵在无形中发动了控制人心的火媚术，当雪女意识到中计时已是身不由己。

雪女曾经是名动各国的舞姬，许多达官贵人不惜一掷千金只为看她一支舞。高渐离奏乐，雪女在众人期待下登场，赵国优美的舞蹈震惊了全场。曲终舞尽，雪女的惊世舞姿令在场嘉宾无不动容，同时也引来了一个大人物的关注，他就是燕国内除了燕王，最有权势的人——燕国贵族雁春君，他会为雪女和小高之后的命运产生怎样的影响……

雪女巧言应变，雁春君却穷追不舍，正当雁春君的手下逼迫雪女同他们回府时，高渐离站出来为雪女解围，雁春君与雪女定下三日之约后离去。雪女担心高渐离的安危便劝他离开，小高却一定要留下保护她，无奈雪女只好绝情地拒绝了小高，小高失落而归，却在回去的路上遭到雁春君的杀手绝影的袭击。

雪女一曲终了，雁春君带着不可置信的表情永远的倒下了，另一边，高渐离身受重伤，最终不惜自伤打倒了绝影。高渐离与雪女离开王府后一路逃到悬崖边，二人意识到逃亡之日终有尽头，便在生死相许后一起跳下了悬崖……往昔的回忆令雪女冲破了火魅术的桎梏，施展必杀绝招“凌波飞燕”伤到赤练，却不慎中毒。接下来将要对战的是高渐离和白凤。

高渐离出战，隐蝠正准备应战，却被白凤拦下，白凤以轻功见长，高渐离拼尽全力却丝毫未能伤到他分毫。为了击败白凤，高渐离以放弃防守为代价，全力发动易水寒，将全部的注意力集中在剑上，然而，白凤的招式拥有完美的防守，并且早已看穿了高渐离的弱点，高渐离被白凤的武器羽刃所伤，眼看颓势已现，高渐离回忆起了往事：十多年前的一个酒肆中……

酒肆中，高渐离识破黑衣人的真实身份，并发现酒肆的酒保也是刺客的同伙，所有的刺客一拥而上，打斗中酒肆的角落里跳出一人，他半调侃半认真的将一帮刺客打得一败涂地。解决完刺客，那人邀请小高喝酒，并自称是受旷修所托来找他，原来这个人就是荆轲，他为小高带来了旷修的“高山流水”琴谱。

高渐离与旷修和奏一曲高山流水，荆轲在法场之上大战秦兵，一曲终了，旷修余愿已了，含笑而逝。一场恶战之后，荆轲和高渐离逃至河边休息，高渐离感伤于终究没能救出旷修，荆轲却开导他，旷修有他这样的朋友已经不再有遗憾，高渐离发现面前的这个人虽然在关键时刻也是一副玩世不恭的样子，却不失为一个可以交心的朋友。

少羽救下天明后让他先回机关大厅，自己则留下来对付秦兵，而此时机关大厅中，战斗着的两个人都已经到达了极限，高渐离不支跪倒在地，白凤强力支撑着退到了场外，一片染血的羽毛飘落到想要伸手扶他的无双手中。战斗无法再继续，赌赛打成了平局，高渐离不甘心这个结果，下定决心要救出天明，正当他不支倒地时，天明接住了他。

巨子见天明与卫庄这一战无从阻拦，只能临时传授天明非攻秘技，天明一知半解地以新学的招式向卫庄攻去，非攻连环变出盾牌、御魂环等，最终发动逆鲨齿形态，居然夹住了鲨齿的利齿，封住了卫庄势不可挡的一招。原来这是巨子这些年苦心钻研，专门为了克制鲨齿而特意改良的非攻，卫庄恼羞成怒，欲对天明不利，这时巨子及时出手救下天明。

天明意识到墨家巨子就是高月的父亲，急忙向巨子诉说高月有危险，以及她一直以来的孤寂。突然巨子脸色苍白，坐倒在地，他竟然受了重伤，原来巨子早在进机关城前就中了阴阳家偷袭者的毒咒，再加上与卫庄交手时催动内力，咒印发挥出最高威力，巨子明白自己已经无力回天，他临终托付，墨家诸位头领屏退众人……

墨家巨子要见天明，原来，他要将掌门之位传予天明，在场的墨家弟子都感到不解，但无人敢违逆巨子的决定，巨子将毕生功力注入天明体内，还留下最后的命令——启动青龙。机关城在一阵轰鸣声中，慢慢分崩离析，化作一片废墟，墨家众人从地下水路撤离，开始一段全新的征程，而秦始皇扫除异己的行动还只是刚刚开始而已……在机关城外的山上，月神与高月注视着机关城的覆灭，而此时的高月身为阴阳家俘虏，被施以控心咒，听命于月神。

青龙启动，机关城化为一片废墟，机关城内的众人与墨家弟子一同突破秦兵的围追堵截，一路向东前进。路途之中，墨家众头领各任其责教导天明，极力想要将他培养成合格的巨子，然而天明孩童天性令几位头领十分头疼。与此同时，受秦始皇之命，蒙恬为了监督建造蜃楼也将率军前往东海之滨。

墨家众头领倾尽所学教导天明，但是填鸭似的学习方法令他昏昏欲睡，天明为自己的没用暗自愧疚，与少羽一同喝酒买醉，不料在无意中泄露了大家的行踪，此事令墨家众人对天明是否能胜任巨子一职更加不报期望。另一方面，李斯向秦始皇建议接下来该将矛头指向儒家，秦始皇想起之前月神所提醒之事，隐隐意识到儒家不容小觑。

天明的失误令墨家几位头领越发觉得他根本无法胜任巨子之位，于是决定重新表决是否要让天明来统领墨家，表决的结果却是3对3平局，正当大家为各自的决定争执不下时，却发现天明早已不知跑去了哪里。原来天明借助巨子传给他的内力自行冲开了穴道，跑去找盖聂倾诉，盖聂耐心的开导天明，让他重新振作起来去面对墨家众头领。

墨家一行人终于到达东海之滨桑海，众人在城中墨家秘密据点“有间客栈”与当地墨家主事庖丁会和，大家议起近些日城中多了大量秦军，气氛很是紧张，只是不知有何蹊跷，墨家又该如何应对。班大师拿出离开机关城时张良留下的锦囊，但锦囊中只有三幅竹简画，令众人一头雾水。正在大家不明所以之时，庖丁无意之举让盖聂明白了画中之意。

庖丁领着少羽和天明去给儒家送点心，熙熙攘攘的大街上，庖丁刚说到担心天明会闯祸，便发觉天明不知道什么时候已经不在身后了，两人无奈只好分头去找。街上到处都是秦兵，少羽小心躲开秦兵来到桥边，却见悬赏告示上贴着墨家等人的头像，还听到他人在议论海上有怪物的传闻。此时秦兵靠近，少羽只能悄悄溜走。

李斯此次的随行人员不仅有阴阳家的护法星魂，还有名家的传人公孙玲珑，以及曾经楚国第一贤者楚南公，儒家的掌门伏念与二当家颜路等待在正门迎客了。另一边，天明和少羽被张良以儒家弟子的身份带入了小圣贤庄，张良引两人来到学子宿舍，并为他们换上儒家弟子的服装，留言还有事情安排两人去做，自己便先行离去了。

李斯提出要去探望一下授业恩师荀子，一行人来到荀子别院，荀子却避而不见。有间客栈中，打探回来的盗跖正与众人说起席间公孙玲珑提出要以辩合之术挑战儒家之事，名家的公孙玲珑一人挑战儒家众人，名家善于辩合之术，公孙玲珑能言善辩，连胜数场、大败群儒，并且口出狂言，眼看儒家就要声名扫地……

公孙玲珑连胜七场，正在洋洋得意之时，张良巧妙地引出天明与她比试，天明虽然根本不懂什么是辩合之术，但是在张良的指导下一通胡搅蛮缠的说话，令公孙玲珑哑口无言，输得一败涂地。儒家终于有惊无险地送走了李斯一行，然而，李斯在离开时留给伏念的忠告之言，令几位掌门隐隐为儒家未来的安危担忧不已。

张良与颜路在小圣贤庄的某处草丛中发现有人留下的暗号，二人都怀疑此事与阴阳家有关。儒家学院内，少羽因文才武艺样样精通，而倍受其他儒生的欢迎，相比之下，天明却总是被人欺负、取笑，天明心中不忿，差点儿将自己就是墨家巨子这件事情说出来。另一方面，咸阳城外的官道上，月神正带着月儿一路向京城进发。

月神带着高月觐见阴阳家东皇太一，途中遇到阴阳家另一位护法星魂，两人的对话透露出彼此间的明争暗斗。另一边，为了弄明白石兰留下的记号，少羽向范增请教，发现那些图文竟是蜀山巫族的文字，而巫族与阴阳家有着很深的渊源。盗跖向徐夫子透露，当日打倒儒家弟子的正是石兰，一时间，墨家众人开始怀疑石兰的真正身份。

雪女和高渐离拜托精通医术的颜路为端木蓉疗伤，颜路诊治端木蓉后，道出她伤势过重，只有请师叔荀子出山才会有一线希望。墨家隐居山庄内，盗跖因碰巧看见盖聂在削木剑，便与他谈起剑客与剑的问题，盗跖想到端木蓉仍然躺在床上生死未卜，盖聂却能如此平静地削剑，怒斥盖聂冷酷无情后愤然离去。

为赢得荀子的一个承诺，天明以围棋天才的身份被引荐给荀子，扬言凡与自己对弈者，输了就必须为他做一件事情，而实际上，棋局由张良在暗中操控，天明只是在荀子面前做一场戏。虽然天明在对弈中纰漏百出，却歪打正着成功将荀子骗住，脾气古怪的荀子虽然输了棋局，但表示十分赏识天明。

在去墨家隐居地的路上，天明与荀子遇到一伙山贼正在打劫一位富家公子，天明路见不平拔刀相助，原本是指望荀子出面收拾山贼的，没想到荀子表示自己不会武功，眼看山贼攻来，天明在千钧一发之际爆发潜力，将山贼全部打败。二人离开后，一队秦兵匆匆赶来，行至富家公子面前竟齐齐下马跪拜，原来这位公子就是公子扶苏。于此同时，高月在阴阳家内得到了自己的名字——姓姬，名如，字千泷。高月被洗脑，成为阴阳家的一员。月神将幻音宝盒给了东皇太一。

天明刚回到儒家，便被少羽拉去城中游玩，他们在海边看见了传说中的仙山，少羽告诉了天明有关海上怪物“蜃”的传说，并在人群中看见了石兰，她正呆呆地望着仙山流泪。夜晚，宵禁后的桑海城一片死寂，天明和少羽意识到时间已晚，正准备回去之时，天空中出现了可怕的飞行机关兽，两人一路躲避着机关兽来到悬赏告示牌前……

天明和少羽一路躲避追击，在走投无路时受一名黑衣人的指引摆脱了追兵，原来那名黑衣人正是石兰。三人经历了一夜的惊险逃亡后坐在屋顶休息，黎明之际，海上雾散之处突然出现了一条巨大的船，少羽和天明在登楼的队伍中看到了一个熟悉的面孔——高月。而此时的高月已忘记了过去的自己，改头换面，成为了新生的姬如千泷，开始了在阴阳家的新生活。与此同时，在桑海的各个地方，各家各派的人物也都在关注着蜃楼这个庞然大物的横空出世……